plink--merge-list12.txt--recode--outhebing bash: plink--merge-list12.txt--recode--outhebing: command not found...

这个错误提示看起来是你在运行一个命令行命令时输入有误或者命令不存在。请检查你输入的命令是否正确，并且确认你已经安装了需要用到的程序或工具。

根据你提供的命令，似乎你想对一个名为"merge-list12.txt"的文件进行重新编码（recode）并将输出结果放入名为"outhebing"的文件中。如果你使用的是 Linux 操作系统，你可以尝试使用以下命令：

plink --file merge-list12.txt --recode --out outhebing

这个命令将会使用 plink 工具对 "merge-list12.txt" 文件进行重新编码，并将结果输出到名为 "outhebing" 的文件中。如果你的操作系统上没有安装 plink 工具，你需要先安装它才能运行这个命令。

相关问题

$ plink --file dk928-qc --pca plink: unknown option "--file" plink: unknown option "--pca"

这个错误信息表明你在运行plink这个软件时遇到了问题。Plink是一个用于分析遗传学数据的命令行工具，尤其是在连锁分析和关联分析中使用。错误信息中的"--file"和"--pca"是Plink命令行的参数，它们用于指定输入文件和执行主成分分析（PCA）。

错误信息指出 "--file" 和 "--pca" 被认为是未知的选项，这通常意味着以下几点：
1. 可能是因为你使用的Plink版本不支持这些参数。Plink的不同版本可能有不同的参数，你需要确保你使用的参数是对应你当前版本的Plink。
2. 输入的参数格式可能有误。参数前应该有一个破折号（-）而不是两个。正确的参数格式应该是 "-file" 和 "-pca"。
3. 如果你确认参数格式正确，那么可能是因为命令行中缺少了相应的操作指令，例如 "plink -file" 后面应该跟上具体的操作如 "--make-bed"。

正确的命令行示例应该类似于：

plink --file dk928-qc --pca ...

或

plink -file dk928-qc -pca ...

记得在 "--file" 参数后面指定输入文件名，并确保之后的操作指令和参数正确无误。

plink --bfile 文件 --keep ID.txt --make-bed --out 文件2

根据您提供的命令和参数，这是一个使用PLINK软件的命令行指令。PLINK是一个用于进行人类基因组学研究的免费开源的软件。该命令的参数解释如下：

- --bfile 文件：指定输入文件的前缀名。PLINK要求文件名分别对应.bed，.bim和.fam后缀。
- --keep ID.txt：根据一个包含需要保留的个体ID的文本文件ID.txt进行筛选。只有这些个体会在输出文件中生成。
- --make-bed：生成输出文件的格式为BED/BIM/FAM格式，即二进制的等位基因文件。
- --out 文件2：指定输出文件的前缀名。

因此，这个命令的作用是：根据输入文件的前缀名，根据文本文件ID.txt中列出的个体ID进行筛选，并生成输出文件的格式为BED/BIM/FAM格式，输出文件的前缀名为文件2。