写一个严谨的python脚本,不使用外部模块,搜索输入文件内以>开头的行,并删除字符p后内容
时间: 2024-03-15 20:46:37 浏览: 27
以下是一个可以搜索输入文件中以 ">" 开头的行并删除该行之后的字符的 Python 脚本,不使用外部模块:
```python
import sys
if len(sys.argv) != 2:
print("用法: python remove_fasta_headers.py <输入文件>")
sys.exit(1)
input_file = sys.argv[1]
with open(input_file) as f:
lines = f.readlines()
output_lines = []
for line in lines:
if line.startswith(">"):
header_end = line.find("p")
if header_end == -1:
header_end = len(line)
output_lines.append(line[:header_end] + "\n")
else:
output_lines.append(line)
output_file = input_file + ".cleaned"
with open(output_file, "w") as f:
f.writelines(output_lines)
print("已经完成。请查看输出文件:", output_file)
```
请注意,此脚本依赖于 fasta 文件中的描述符行以 ">" 开头,并且在 "p" 字符之前包含所有描述符信息。此脚本将删除 "p" 字符及其之后的所有字符。如果文件中没有 "p" 字符,则该行将完全保留。此脚本还假定输入文件是正确的 fasta 格式文件,并且每个序列都在一行上。如果您的 fasta 文件有多行序列,则需要修改此脚本以处理它们。
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