使用bedtools根据染色体上的起止位置拿到基因的名称和外显子号

好的，我明白了。首先，你需要准备两个文件：一个 BED 文件，包含基因的位置信息；另一个是 GFF 文件，包含基因的注释信息。

然后，你可以使用 `bedtools intersect` 命令来获取 BED 文件中每个基因所对应的 GFF 文件中的注释信息。具体的命令如下：

bedtools intersect -a genes.bed -b annotations.gff -wo

其中，`-a` 参数指定 BED 文件，`-b` 参数指定 GFF 文件，`-wo` 参数表示输出 BED 文件和 GFF 文件中重叠部分的详细信息。

输出结果中，每一行都包含了 BED 文件和 GFF 文件中重叠部分的详细信息，其中包括基因的名称和外显子号等信息。你可以通过解析输出结果来获取你需要的信息。