实现rna二级结构预测的标记函数

RNA的二级结构预测可以使用标记函数来实现。标记函数是一种算法，用于将RNA序列中的每个碱基与其匹配的碱基配对，并将其用圆括号括起来表示。例如，序列“ACGU”可以表示为“( )（）（ ）”。标记函数可以通过递归地匹配碱基对来实现。下面是一个示例代码：

def mark(seq):
    stack = []
    result = [''] * len(seq)
    for i, c in enumerate(seq):
        if c == '(':
            stack.append(i)
        elif c == ')':
            j = stack.pop()
            result[i] = ')'
            result[j] = '('
    return ''.join(result)

在这个实现中，我们使用一个栈来跟踪未配对的左括号的位置。当我们找到一个右括号时，我们从栈中弹出一个左括号并将其匹配。最后，我们将结果拼接起来并返回。