若化学文件格式为csv格式,且数据量为几十万时,怎么用OBFragmenter()来分解文件中的分子
时间: 2024-05-14 20:15:16 浏览: 21
可以按照以下步骤使用OBFragmenter()来分解csv文件中的分子:
1. 读取csv文件,将分子数据提取出来并存储为分子对象列表。
2. 创建OBFragmenter对象,并设置需要的参数,例如分解模式、最小碎片大小等。
3. 遍历分子对象列表,对每个分子对象调用OBFragmenter的Fragment()方法进行分解。
4. 将分解后得到的碎片对象列表存储起来,可以将每个碎片对象的分子结构以SMILES字符串的形式保存下来。
以下是一个简单的示例代码,假设csv文件中包含分子的SMILES字符串:
```python
import csv
import openbabel as ob
# 读取csv文件,获取分子SMILES字符串
mols = []
with open('molecules.csv', 'r') as f:
reader = csv.reader(f)
next(reader) # 跳过第一行
for row in reader:
smiles = row[0] # 假设SMILES字符串在第一列
mol = ob.OBMol()
ob.OBSmilesRead(mol, smiles)
mols.append(mol)
# 创建OBFragmenter对象
frag = ob.OBFragmenter()
frag.SetMaxCutSize(20) # 设置最大碎片大小为20
# 对每个分子进行分解,并将结果保存为SMILES字符串
fragments = []
for mol in mols:
frags = frag.Fragment(mol)
for frag in frags:
smi = ob.OBSmiles(frag)
fragments.append(smi)
# 将结果保存为文件
with open('fragments.csv', 'w') as f:
writer = csv.writer(f)
for smi in fragments:
writer.writerow([smi])
```
以上代码将csv文件中的每个分子都进行了分解,并将得到的碎片以SMILES字符串的形式保存到了fragments.csv文件中。注意,由于OBFragmenter()是基于Open Babel库实现的,因此需要先安装Open Babel库才能运行上述代码。
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