R语言ppi共表达网络求fc
时间: 2023-07-20 16:39:47 浏览: 66
在R语言中,可以使用WGCNA包来构建基因共表达网络,并计算基因的FC值。具体步骤如下:
1. 安装WGCNA包
```R
install.packages("WGCNA")
```
2. 导入表达矩阵数据
```R
library(WGCNA)
# 假设exp_matrix为基因表达矩阵,行为基因,列为样本
datExpr <- as.data.frame(exp_matrix)
```
3. 计算基因共表达模块
```R
# 计算基因共表达网络,corType可选pearson、spearman等
powers <- c(c(1:10), seq(from=12,to=20,by=2))
sft <- pickSoftThreshold(datExpr, powerVector=powers, verbose=5)
# 根据选定的power值构建基因共表达模块
net <- blockwiseModules(datExpr, power=sft$powerEstimate, TOMType="unsigned",
mergeCutHeight=0.25, minModuleSize=30, reassignThreshold=0,
networkType="signed", corType="pearson", maxBlockSize=20000,
verbose=3)
```
4. 计算模块内基因的平均表达量
```R
# 计算每个模块的平均表达量
moduleColors <- net$colors
MEs <- moduleEigengenes(datExpr, moduleColors)$eigengenes
```
5. 计算基因的FC值
```R
# 假设group为样本分组信息
group <- factor(c(rep("group1", ncol(exp_matrix1)), rep("group2", ncol(exp_matrix2))))
# 计算每个基因的FC值
FC <- log2(apply(exp_matrix2, 1, mean) / apply(exp_matrix1, 1, mean))
# 将FC值和模块内基因的平均表达量整合到一个数据框中
geneInfo <- data.frame(FC, MEs[, moduleColors])
```
6. 可以根据需要对基因和模块进行进一步分析,例如基因和模块的相关性分析等。
需要注意的是,FC的计算方式可能会因数据类型、数据预处理等因素而有所不同,因此需要根据具体情况进行调整。同时,基因共表达网络的构建也需要根据数据特点进行优化。
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