用R语言写出单细胞免疫组库的代码
时间: 2023-04-05 09:01:11 浏览: 160
基于R包scCancer修改的单细胞分析基础代码
我可以回答这个问题。以下是用 R 语言写出单细胞免疫组库的代码的示例:
library(Seurat)
library(dplyr)
# 读取数据
data <- Read10X("path/to/data")
# 创建 Seurat 对象
obj <- CreateSeuratObject(counts = data)
# 过滤细胞
obj <- FilterCells(obj, min.cells = 3, min.features = 200)
# 标准化数据
obj <- NormalizeData(obj)
# 找到变异基因
obj <- FindVariableFeatures(obj, selection.method = "vst", nfeatures = 2000)
# 缩放数据
obj <- ScaleData(obj)
# 进行 PCA
obj <- RunPCA(obj, npcs = 50)
# 进行聚类
obj <- FindClusters(obj, resolution = 0.5)
# 可视化结果
DimPlot(obj, reduction = "umap", group.by = "ident")
# 导出结果
write.csv(Idents(obj), file = "path/to/clusters.csv")
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