编写应用程序将数组中的数据进行排序，然后使用折半法判断用户输入的一个整数是否在数组中用java语言

可以使用Java内置的Arrays.sort()方法对数组进行排序，然后再使用Arrays.binarySearch()方法进行折半查找。以下是示例代码：

import java.util.Arrays;

public class SortAndBinarySearch {
    public static void main(String[] args) {
        int[] arr = {5, 2, 9, 1, 6, 3};
        Arrays.sort(arr); // 对数组进行排序
        int searchValue = 6; // 用户输入的整数
        int index = Arrays.binarySearch(arr, searchValue); // 在排序后的数组中查找
        if (index >= 0) {
            System.out.println(searchValue + " 在数组中的下标为 " + index);
        } else {
            System.out.println(searchValue + " 不在数组中");
        }
    }
}

请注意，这只是一种实现方式，还有许多其他的排序和查找算法可以使用。