写一个严谨的python脚本,搜索输入文件内以>开头的行,并删除p后字符
时间: 2024-03-15 15:46:24 浏览: 62
以下是一个可以搜索输入文件中以 ">" 开头的行并删除该行之后的字符的 Python 脚本:
```python
import sys
if len(sys.argv) != 2:
print("用法: python remove_fasta_headers.py <输入文件>")
sys.exit(1)
input_file = sys.argv[1]
with open(input_file) as f:
lines = f.readlines()
output_lines = []
for line in lines:
if line.startswith(">"):
output_lines.append(line)
else:
output_lines.append(line.split(" ")[0] + "\n")
output_file = input_file + ".cleaned"
with open(output_file, "w") as f:
f.writelines(output_lines)
print("已经完成。请查看输出文件:", output_file)
```
请注意,此脚本假定 fasta 格式的描述符行以 ">" 开头,并且后面有可选的描述符信息,用空格分隔。此脚本会删除 ">" 后面的所有字符,包括空格。如果您希望保留空格,则可以将 `line.split(" ")[0]` 更改为 `line.split(">")[0]`。此脚本还假定输入文件是正确的 fasta 格式文件,并且每个序列都在一行上。如果您的 fasta 文件有多行序列,则需要修改此脚本以处理它们。
阅读全文