写一个严谨的python脚本,搜索输入文件内以>开头的行并删除该行p后字符
时间: 2024-03-15 16:46:21 浏览: 172
以下是一个可用的 Python 脚本,可以搜索输入文件内以 ">" 开头的行并删除该行之后的字符:
```python
import sys
# 检查命令行参数是否正确
if len(sys.argv) != 2:
print("用法: python remove_fasta_headers.py <输入文件>")
sys.exit(1)
# 打开输入文件
input_file = sys.argv[1]
with open(input_file) as f:
lines = f.readlines()
# 删除以 ">" 开头的行之后的字符
output_lines = []
for line in lines:
if line.startswith(">"):
output_lines.append(line)
else:
output_lines.append(line.split(">")[0])
# 将结果写入输出文件
output_file = input_file + ".cleaned"
with open(output_file, "w") as f:
f.writelines(output_lines)
print("已经完成。请查看输出文件:", output_file)
```
请注意,此脚本仅删除以 ">" 开头的行之后的字符,而不删除实际的 ">" 字符。如果需要完全删除这些行,请在 `output_lines` 列表中将 `line` 更改为 `""`。还请注意,此脚本不会检查输入文件的格式是否正确,因此使用时请自行确保输入文件是符合要求的 fasta 文件。
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