请帮我转写一段代码，对比1棵物种树和多棵基因树之间树形拓扑结构差异，只把树形结构不一致定义为物种树和基因树不一致，不对比支长。物种树为/home/dengwei/NTF_data/rotted_species_tree/species_tree.treefie，基因树储存在/home/dengwei/NTF_data/rotted_gene_tree。在/home/dengwei/NTF_data下新建文件夹compare_tree用于储存对比结果。统计有多少棵基因树与物种树不一致。

你可以使用一些生物信息学工具来比较物种树和基因树之间的树形拓扑结构差异。在这里，我可以为你提供一个Python代码示例，使用Biopython库和ETE Toolkit来完成这个任务。

首先，你需要安装Biopython和ETE Toolkit库。你可以使用以下命令来安装它们：

pip install biopython
pip install ete3

然后，你可以使用以下代码来比较物种树和基因树的树形拓扑结构：

from Bio import Phylo
from ete3 import Tree

species_tree_file = "/home/dengwei/NTF_data/rotted_species_tree/species_tree.treefile"
gene_tree_folder = "/home/dengwei/NTF_data/rotted_gene_tree"
compare_tree_folder = "/home/dengwei/NTF_data/compare_tree"

# 读取物种树
species_tree = Tree(species_tree_file)

# 获取基因树文件列表
gene_tree_files = os.listdir(gene_tree_folder)

# 遍历基因树文件
inconsistent_trees = 0
for gene_tree_file in gene_tree_files:
    gene_tree_path = os.path.join(gene_tree_folder, gene_tree_file)
    
    # 读取基因树
    gene_tree = Tree(gene_tree_path)
    
    # 比较树形拓扑结构
    if species_tree.compare(gene_tree, unrooted=True) != 0:
        inconsistent_trees += 1
        
        # 将不一致的基因树保存到compare_tree_folder
        compare_tree_path = os.path.join(compare_tree_folder, gene_tree_file)
        gene_tree.write(outfile=compare_tree_path, format=5)

print("共有{}棵基因树与物种树不一致。".format(inconsistent_trees))

上述代码将遍历基因树文件夹中的每个基因树文件，与物种树进行树形拓扑结构比较。如果两者不一致，则将不一致的基因树保存到compare_tree_folder中，并统计不一致的基因树数量。

请确保你的文件路径正确，并且你拥有读取和写入文件的权限。希望这能帮到你！