请帮我转写一段R代码，用ape包对比1棵物种树和多棵基因树之间树形拓扑结构差异，只把树形结构不一致定义为物种树和基因树不一致，不对比支长。物种树为/home/dengwei/NTF_data/rotted_species_tree/species_tree.treefie，基因树储存在/home/dengwei/NTF_data/rotted_gene_tree。在/home/dengwei/NTF_data下新建文件夹compare_tree用于储存对比结果。统计有多少棵基因树与物种树不一致。

请注意，我将会为您转写R代码，但是我无法直接在这个环境中运行代码或创建文件夹。您需要将代码复制到您的本地R环境中运行，并确保您具备所需的软件包。以下是您所需的R代码：

# 加载ape包
library(ape)

# 定义物种树和基因树的文件路径
species_tree_file <- "/home/dengwei/NTF_data/rotted_species_tree/species_tree.treefie"
gene_tree_folder <- "/home/dengwei/NTF_data/rotted_gene_tree"

# 创建用于储存对比结果的文件夹
compare_tree_folder <- "/home/dengwei/NTF_data/compare_tree"
dir.create(compare_tree_folder, showWarnings = FALSE)

# 读取物种树
species_tree <- read.tree(species_tree_file)

# 统计不一致的基因树数量
inconsistent_trees <- 0

# 对比每棵基因树与物种树的树形拓扑结构差异
gene_tree_files <- list.files(gene_tree_folder, full.names = TRUE)
for (gene_tree_file in gene_tree_files) {
  gene_tree <- read.tree(gene_tree_file)
  
  if (!identical.phylo(species_tree, gene_tree)) {
    inconsistent_trees <- inconsistent_trees + 1
    # 将不一致的基因树保存到compare_tree_folder
    basename <- basename(gene_tree_file)
    write.tree(gene_tree, file.path(compare_tree_folder, basename))
  }
}

# 打印不一致的基因树数量
cat("共有", inconsistent_trees, "棵基因树与物种树不一致。\n")

请将以上代码保存为`.R`文件并在您的R环境中运行。注意替换文件路径以匹配您的实际文件路径。运行后，将在`compare_tree_folder`文件夹中找到与物种树不一致的基因树，并打印出不一致的基因树数量。