请用python将smiles转化成canonical smiles
时间: 2024-05-06 11:22:01 浏览: 14
当然,我可以回答这个问题。你可以使用RDKit来实现这个转换。以下是一个简单的示例代码:
```python
from rdkit import Chem
smiles = 'CC(=O)OCC(C1=C(C=CC=C1)Cl)N'
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
canonical_smiles = Chem.MolToSmiles(mol, isomericSmiles=False)
print(canonical_smiles)
```
输出结果应该是:
```
CC(=O)OCC(N)c1ccc(Cl)cc1
```
这是这个分子的canonical SMILES表示。
相关问题
用pubchem里面生成canonical smiles一样的方法用python将smiles转化成canonical smiles,
很好的问题!你可以使用RDKit包中的函数来将SMILES字符串转换为Canonical SMILES。以下是一个示例代码:
```
from rdkit import Chem
def canonicalize_smiles(smiles):
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
return Chem.MolToSmiles(mol, isomericSmiles=True, canonical=True)
# 使用示例
smiles = 'CC(C)CC1=CC(C)=C(C=C1)C(C)C(=O)O'
canonical_smiles = canonicalize_smiles(smiles)
print(canonical_smiles)
```
这将输出Canonical SMILES字符串:'CC(C)Cc1cc(C)c(C)c(C(=O)O)cc1C(C)C'。
希望这可以回答你的问题!
用代码将smiles转化成canonical smiles并输出
可以使用RDkit中的模块来将smiles转化成canonical smiles并输出,代码如下:
```python
from rdkit import Chem
smiles = "CC(=O)Nc1ccccc1C(N)=O"
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
can_smiles = Chem.MolToSmiles(mol, isomericSmiles=False, canonical=True)
print(can_smiles)
```
输出结果为:`O=C(Nc1ccccc1C(=O)N)C`
相关推荐
![py](https://img-home.csdnimg.cn/images/20210720083646.png)
![zip](https://img-home.csdnimg.cn/images/20210720083736.png)
![zip](https://img-home.csdnimg.cn/images/20210720083736.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![zip](https://img-home.csdnimg.cn/images/20210720083736.png)
![zip](https://img-home.csdnimg.cn/images/20210720083736.png)