请用其他方法替代from rdkit.Chem import rdMolStandardize
时间: 2023-09-04 17:06:42 浏览: 124
可以通过使用以下代码实现:
```
import importlib.util
spec = importlib.util.spec_from_file_location("rdkit.Chem.rdMolStandardize", "/path/to/rdkit/Chem/rdMolStandardize.py")
rdMolStandardize = importlib.util.module_from_spec(spec)
spec.loader.exec_module(rdMolStandardize)
```
相关问题
优化这段代码from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem # 输入化学分子式 smiles = input("请输入化学分子式:") # 将SMILES字符串转化为分子对象 mol = Chem.MolFromSmiles(smiles) # 生成所有可能的立体异构体 mol = Chem.AddHs(mol) AllChem.EmbedMultipleConfs(mol, numConfs=100) AllChem.UFFOptimizeMoleculeConfs(mol) # 输出所有立体异构体的SMILES字符串 for i, conf in enumerate(mol.GetConformers()): print(f"立体异构体{i+1}:{Chem.MolToSmiles(mol, confId=conf.GetId())}")
可以考虑使用RDKit中的ParallelMolBuilder来并行生成分子构象,以提高效率。另外,可以通过设置EmbedParameters来调整构象生成参数,以生成更合适的构象。下面是优化后的代码:
```python
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
# 输入化学分子式
smiles = input("请输入化学分子式:")
# 将SMILES字符串转化为分子对象
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
# 生成所有可能的立体异构体
mol = Chem.AddHs(mol)
# 设置构象生成参数
params = AllChem.ETKDGv3()
# 并行生成分子构象
builder = AllChem.ParallelMolBuilder()
builder.EmbedMultipleConfs(mol, numConfs=100, params=params)
# 优化构象
AllChem.UFFOptimizeMoleculeConfs(mol)
# 输出所有立体异构体的SMILES字符串
for i, conf in enumerate(mol.GetConformers()):
print(f"立体异构体{i+1}:{Chem.MolToSmiles(mol, confId=conf.GetId())}")
```
注意,ParallelMolBuilder只能在RDKit安装时选择了OpenMP选项编译时才可用。如果无法使用ParallelMolBuilder,可以考虑使用多进程或多线程来并行生成分子构象。
# 导入必要的库 import rdkit from rdkit.Chem import SMILES # 创建一个字符串,指定要创建的反应物和产物 rxn_mol = 'C6H12O6' product_mol = 'CC=C6H12O6' rxn_inv_smarts = 'CC=C6H12O6' rxy = SMILES(rxy) # 创建反应物和产物对象的字符串,其中Rxy是生成对象的字符串。
在您的代码中,有一些小错误。下面是过修正的代码:
```python
# 导入必要的库
from rdkit import Chem
# 创建一个字符串,指定要创建的反应物和产物
reactant_smiles = 'C6H12O6'
product_smiles = 'CC=C6H12O6'
# 将反应物和产物的SMILES字符串转换为RDKit的分子对象
reactant_mol = Chem.MolFromSmiles(reactant_smiles)
product_mol = Chem.MolFromSmiles(product_smiles)
# 生成反应物和产物对象的字符串
reactant_smiles_new = Chem.MolToSmiles(reactant_mol)
product_smiles_new = Chem.MolToSmiles(product_mol)
# 打印生成的反应物和产物对象的字符串
print('生成的反应物的SMILES表示:', reactant_smiles_new)
print('生成的产物的SMILES表示:', product_smiles_new)
```
在上述代码中,我们使用`rdkit.Chem`模块导入了RDKit库,并使用`Chem.MolFromSmiles()`函数将反应物和产物的SMILES字符串转换为RDKit的分子对象。
然后,使用`Chem.MolToSmiles()`函数将分子对象转换回SMILES字符串,以便打印出生成的反应物和产物对象的字符串。
请确保已正确安装RDKit库,并在代码中导入了所需的模块。
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