verboseScatterplot(abs(geneModuleMembership[moduleGenes,column]), + abs(geneTraitsignificance[moduleGenes,1]), + x1ab = paste("Module Membership in", module, "module"), + ylab = "Gene significance for pathological type", + main =paste("Module membership vs.gene significance\n"), + cex.main = 1.2,#主标题的字体大小。 + cex.lab=1.2, #标签的字体大小。 + cex.axis =1.2, #坐标轴刻度的字体大小。 + co1="skyblue", #散点图中散点的颜色。 + abline=FALSE, #是否给制一条辅助直线。 + lmFnc=lm, #用子计算回归线的数。 + pch=1) #散点图中散点的形状。 There were 12 warnings (use warnings() to see them)

时间: 2024-02-10 07:27:56 浏览: 36
这是一段 R 语言代码,用于绘制散点图。它使用了 `verboseScatterplot` 函数,并提供了一些参数来自定义图形的外观和标签。 这段代码的目的是绘制一个散点图,其中 x 轴表示基因模块成员关系的绝对值,y 轴表示基因在病理类型中的显著性的绝对值。图表的标题为 "Module membership vs. gene significance", x 轴标签为 "Module Membership in [module] module"([module] 是一个占位符,应替换为实际的模块名称), y 轴标签为 "Gene significance for pathological type"。 这段代码还使用了一些参数来调整图表的显示样式,如标题字体大小 `cex.main`、标签字体大小 `cex.lab`、坐标轴刻度字体大小 `cex.axis`、散点颜色 `col`、是否绘制辅助直线 `abline`、计算回归线的函数 `lmFnc` 和散点形状 `pch`。 警告信息(There were 12 warnings)提示你的代码可能存在一些潜在的问题。你可以使用 `warnings()` 函数查看这些警告信息的具体内容,以便进一步调试和修复问题。 请注意,在运行这段代码之前,确保已经正确定义了相关变量(如 `geneModuleMembership`、`geneTraitSignificance`、`moduleGenes` 和 `column`),并且这些变量包含了正确的数据。如果代码仍然出现问题,建议检查变量名称和数据类型是否正确,以及确保所有的变量都已经正确加载。 希望这个解答对你有所帮助。如果你还有其他问题,请随时提问。

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请解释这段代码的含义如果可以用数学公式进行表达# 定义变量权重,包含datTrait的权重列 InterestedModule = samples$xinsheng#对哪一个性状感兴趣 InterestedModule = as.data.frame(InterestedModule) names(InterestedModule) = "InterestedModule" module <-"yellow" #模块名称(颜色) modNames = substring(names(MEs), 3)#提取或替换字符向量中的子字符串 #这段代码的作用是计算datExpr和MES两个数据集之间的相关系数,并计算出t检验的p geneModuleMembership = as.data.frame(cor(datExpr, MEs, use ="p"))#计算出 MMPvalue = as.data.frame(corPvalueStudent(as.matrix(geneModuleMembership),nSamples))#计算相关系数的p值 #paste 拼接函数 names (geneModuleMembership) = paste("MM", modNames, sep="") names(MMPvalue) = paste("p.MM", modNames , sep="") #这段代码的作用是计算datExpr和InterestedModule两个数据集之间的相关系数,并计算出t检验的p值 geneTraitsignificance = as.data.frame(cor(datExpr, InterestedModule, use = "p")) GSPvalue = as.data.frame(corPvalueStudent(as.matrix(geneTraitsignificance), nSamples)) #paste 拼接函数 names(geneTraitsignificance) = paste("GS", names(InterestedModule), sep="") names(GSPvalue) = paste("p.GS.", names(InterestedModule), sep="") datExpr <- as.data.frame(datExpr) table(moduleColors==module)#查看模块中基因数目 column = match(module, modNames)#查询感兴趣的基因模块在第几列 moduleColors <- mergedColors moduleGenes <- moduleColors==module#挑选基因列表中属于感兴趣模块module中的基因

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