帮我写一个能够检测vasp任务并且提取任务的python程序
时间: 2023-06-04 11:05:56 浏览: 262
好的,关于您的问题,我可以为您提供帮助。以下是一个能够检测 vaspt 任务并且提取任务的 Python 程序代码:
```
import os
def check_vasp_task():
# 查看当前目录中是否有 vasprun.xml 文件,如果有则说明有任务正在运行
if "vasprun.xml" in os.listdir():
return True
else:
return False
def extract_vasp_task():
if check_vasp_task():
# 任务正在运行,则提取任务
task = "vasp"
return task
else:
return None
```
您可以将此代码添加到您的 Python 程序中,调用 check_vasp_task() 函数来检测是否有任务正在运行并调用 extract_vasp_task() 函数来提取任务。此程序将仅检测运行 vaspt 任务,并提取该任务。如果您有其他需求,请告知我。
相关问题
写一个linux系统排队执行vasp计算任务的shell脚本
以下是一个简单的Linux系统排队执行VASP计算任务的Shell脚本:
```bash
#!/bin/bash
# 定义VASP计算程序路径和输入文件名
VASP_PATH=/path/to/vasp
INPUT_FILE=INCAR
# 定义任务目录和任务列表文件名
TASK_DIR=/path/to/tasks
TASK_LIST=tasks.txt
# 定义并创建结果目录
RESULT_DIR=/path/to/results
mkdir -p $RESULT_DIR
# 循环处理任务列表中的任务
while read -r task; do
# 进入任务目录
cd $TASK_DIR/$task
# 判断是否存在输入文件
if [ ! -f $INPUT_FILE ]; then
echo "Error: $INPUT_FILE not found in $TASK_DIR/$task"
continue
fi
# 判断是否已经执行过该任务
if [ -f $RESULT_DIR/$task.out ]; then
echo "Warning: $task already executed, skipping"
continue
fi
# 执行VASP计算程序
echo "Starting calculation for $task"
$VASP_PATH > $RESULT_DIR/$task.out
# 判断计算是否成功
if [ $? -eq 0 ]; then
echo "Calculation for $task successful"
else
echo "Error: Calculation for $task failed"
fi
done < $TASK_LIST
```
以上Shell脚本首先定义了VASP计算程序路径和输入文件名,然后定义任务目录和任务列表文件名,以及结果目录。接下来,它循环遍历任务列表中的任务,并进入任务目录进行计算。在计算之前,它会检查输入文件是否存在,并且检查结果目录中是否已经存在该任务的输出文件。如果计算成功,它将输出"Calculation for $task successful",否则输出"Error: Calculation for $task failed"。最终,它将任务的输出保存到结果目录中。
写一个linux系统排队执行vasp计算任务的shell脚本,并解释每一行
以下一个简单的Linux系统排队执行VASP计算任务的shell脚本,以及每一行的解释:
```bash
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -l walltime=10:00:00
#PBS -N VASP_calculation
#PBS -q batch
cd $PBS_O_WORKDIR
for dir in $(ls -d */)
do
if [ -f $dir/INCAR ] && [ -f $dir/KPOINTS ] && [ -f $dir/POTCAR ]
then
cd $dir
mpirun -np 8 vasp > vasp.log
cd ..
fi
done
```
1. `#!/bin/bash`:指定脚本使用的shell为bash。
2. `#PBS -l nodes=1:ppn=8`:指定使用1个节点,每个节点上有8个处理器。
3. `#PBS -l walltime=10:00:00`:指定任务最长运行时间为10小时。
4. `#PBS -N VASP_calculation`:指定任务名称为“VASP_calculation”。
5. `#PBS -q batch`:指定任务提交到“batch”队列。
6. `cd $PBS_O_WORKDIR`:切换到PBS工作目录。
7. `for dir in $(ls -d */)`:遍历当前目录下的所有子目录。
8. `if [ -f $dir/INCAR ] && [ -f $dir/KPOINTS ] && [ -f $dir/POTCAR ] ]`:判断子目录中是否包含INCAR、KPOINTS和POTCAR文件。
9. `cd $dir`:切换到子目录。
10. `mpirun -np 8 vasp > vasp.log`:使用8个处理器运行VASP,并将输出重定向到vasp.log文件中。
11. `cd ..`:返回到父目录。