Traceback (most recent call last): File "c_bond.py", line 19, in <module> m5_new = create_supercell_bond_pattern(m5) File "c_bond.py", line 15, in create_supercell_bond_pattern analysis.BondValenceModel.rebond(mol333, ignore_pbc=True) AttributeError: type object 'builtins.BondValenceModel' has no attribute 'rebond'
时间: 2024-03-28 16:37:20 浏览: 9
这个错误提示是因为在你的代码中使用了 `BondValenceModel.rebond` 方法,但是 Python 中的内置对象 `builtins.BondValenceModel` 并没有这个方法。
你需要检查一下你的代码,看看是否有导入正确的模块和类,以及是否正确地使用了 `BondValenceModel.rebond` 方法。你可以查阅相关的文档或者示例代码来解决这个问题。另外,你也可以考虑使用其他的方法来实现你的需求。
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Traceback (most recent call last): File "c_bond.py", line 19, in <module> m5_new = create_supercell_bond_pattern(m5) File "c_bond.py", line 15, in create_supercell_bond_pattern analysis.BondValenceModel.rebond(mol333, ignore_pbc=True) AttributeError: type object 'builtins.BondValenceModel' has no attribute 'rebond'
这个错误是因为 `BondValenceModel` 中的 `rebond` 方法已经被弃用了。可以改用 `BondDetector` 中的 `detect_bonds` 方法来创建键。下面是修改后的代码:
```
from spdkit import Molecule, analysis
from spdkit.geometry import Symmetry
import numpy as np
def create_supercell_bond_pattern(mol: Molecule, supercell_size=(3,3,3)):
# keep only C atoms
remove = []
for (i, a) in mol.atoms():
if a.symbol != "C":
remove.append(i)
mol.remove_atoms(remove)
# create a supercell
mol_supercell = mol.supercell(*supercell_size)
# create bonds using bond detector with kmeans clustering
bd = analysis.BondDetector(mol_supercell)
bd.detect_bonds()
# use symmetry to reduce the size of the cell
symm = Symmetry(mol_supercell)
mol_symm = symm.reduce_cell()
# center the molecule in the cell
center = np.array([0.5, 0.5, 0.5])
mol_symm.translate(center - mol_symm.center_of_mass())
return mol_symm
m5 = Molecule.from_file("Fe32C9/05_1/POSCAR")
m5_new = create_supercell_bond_pattern(m5)
```
这里我修改了以下几点:
1. 使用 `BondDetector` 中的 `detect_bonds` 方法来创建键,而不是使用 `BondValenceModel` 中的 `rebond` 方法。
2. 在创建键之前不需要删除铁原子。因为 `BondDetector` 会自动忽略非碳原子之间的键。
3. 保留了 `supercell_size` 参数。
4. 添加了对称性处理和分子中心移动的代码,与之前的代码相同。
Traceback (most recent call last): File "main_l.py", line 7, in <module> from PyQt5 import QtWidgets
Traceback (most recent call last)是Python中的一种错误提示信息,它通常在程序运行过程中出现错误时被抛出。它会显示出错的文件名、行号以及出错的代码行。
在你提供的例子中,出现了一个导入错误。具体来说,Python解释器在执行main_l.py文件时,在第7行尝试导入PyQt5模块的QtWidgets子模块,但是未能成功导入。
可能的原因包括:
1. 未正确安装PyQt5模块:请确保已经正确安装了PyQt5模块,可以使用pip命令进行安装。
2. 模块名称错误:请检查导入语句中的模块名称是否正确,确保大小写和拼写都正确。
3. 模块路径错误:如果PyQt5模块不在Python解释器的搜索路径中,需要指定正确的模块路径。
如果你需要进一步解决这个问题,可以尝试以下步骤:
1. 确认是否已经正确安装了PyQt5模块。
2. 检查导入语句中的模块名称是否正确。
3. 如果PyQt5模块不在Python解释器的搜索路径中,可以尝试添加正确的模块路径。