charmm在Linux中的使用方法,科学网—Gromacs中添加CHARMM力场 - 贾壮的博文

Charmm是一款分子模拟软件，Linux系统下的使用方法如下：

1. 下载Charmm软件并解压缩到指定目录中。

2. 在终端中进入Charmm的安装目录，并执行以下命令进行编译：

   ./install.com gnu

编译完成后，在Charmm安装目录下会生成可执行文件。

3. 运行Charmm软件，在终端中输入以下命令：

   ./charmm

即可启动Charmm的命令行界面。

4. 在Charmm中进行分子模拟时，需要加载相应的力场文件。在Linux系统中，可以使用以下命令加载Charmm力场文件：

   read toppar/top_all36_prot.rtf
   read toppar/top_all36_na.rtf
   read toppar/top_all36_carb.rtf
   read toppar/top_all36_lipid.rtf
   read toppar/top_all36_cgenff.rtf

这些命令将会加载Charmm所有原子类型的力场文件。

以上是Charmm在Linux系统中的基本使用方法，如果需要进行更复杂的操作和分子模拟，需要进一步学习Charmm的使用方法。