python 修改nii.gz格式图像分辨率

要修改nii.gz格式图像分辨率可以使用Python中的nibabel库。首先需要安装nibabel库，可以使用以下命令进行安装：

pip install nibabel

然后可以使用以下代码将原始图像读取为nibabel格式对象：

import nibabel as nib

img = nib.load('original_image.nii.gz')

接着可以使用相应的方法修改分辨率，例如将分辨率修改为1x1x1：

new_zooms = (1, 1, 1)
new_affine = img.affine.copy()
new_affine[0:3,0:3] = img.affine[0:3,0:3]*img.header.get_zooms()[:3]/new_zooms
new_img = nib.Nifti1Image(img.get_fdata(), new_affine)

最后将修改后的图像保存：

nib.save(new_img, 'modified_image.nii.gz')

相关问题

如何用Python实现label.nii格式边缘扩增1mm，使扩增区域形成新的roi

在Python中，特别是使用了像FSL (fMRIPrep)、Nilearn或者ANTs等神经影像处理库的情况下，要对`.nii`格式的标签文件（通常代表脑结构分割，比如`label.nii`）进行边缘扩增并创建一个新的ROI，你可以按照以下步骤操作：

1. **安装必要的库**：
首先，需要安装`nipype`、`nibabel`以及可能用于处理MRI图像的其他库。可以使用`pip install nipype nibabel ants Pydicom`命令安装。

2. **读取原始标签图像**：
使用`nibabel`库加载`.nii`文件：

   import nibabel as nib
   label_volume = nib.load('your_label.nii.gz')

3. **获取边缘信息**：
可能需要用到`skimage`库来检测边缘，但直接扩增边界可能会有些复杂。一种简单的方法是找到每个像素点与其邻域的差异，然后设置扩增区内的值。

4. **扩增边缘**：
这一步可能需要编写一些自定义函数。例如，可以用`np.roll()`函数来移动数组的一维，并检查变化，来确定边界位置。然后扩增1mm意味着增加相应的像素数。注意，这将基于原始文件的空间分辨率。

5. **创建新的ROI**：
扩增后的数据可以保存到一个新的`nifti`文件中，使用`nibabel`的`save`方法：

   new_label_volume = np.zeros(label_volume.shape)
   new_label_volume[label_volume > 0] = 1  # 将扩增部分设为新ROI值（这里假设原标签值为1）
   new_label_img = nib.Nifti1Image(new_label_volume, label_volume.affine)
   nib.save(new_label_img, 'new_roi.nii.gz')

6. **可能需要校准空间坐标**：
确保扩增后的ROI依然与原始空间坐标对应，如果有必要，可以调整`new_label_img.affine`矩阵。

python 批量修改nii.gz格式图像分辨率

可以使用 SimpleITK 库来批量修改 nii.gz 格式图像的分辨率。以下是一个示例代码：

import SimpleITK as sitk
import os

input_dir = "/path/to/input/dir"
output_dir = "/path/to/output/dir"
new_spacing = (1.0, 1.0, 1.0)  # 新的分辨率

for filename in os.listdir(input_dir):
    if filename.endswith(".nii.gz"):
        input_path = os.path.join(input_dir, filename)
        output_path = os.path.join(output_dir, filename)
        image = sitk.ReadImage(input_path)
        old_spacing = image.GetSpacing()
        new_size = [int(round(old_size * old_spacing / new_spacing)) for old_size in image.GetSize()]
        resample = sitk.ResampleImageFilter()
        resample.SetOutputSpacing(new_spacing)
        resample.SetSize(new_size)
        resample.SetOutputDirection(image.GetDirection())
        resample.SetOutputOrigin(image.GetOrigin())
        resample.SetTransform(sitk.Transform())
        resample.SetInterpolator(sitk.sitkLinear)
        resampled_image = resample.Execute(image)
        sitk.WriteImage(resampled_image, output_path)

这个代码会将 `input_dir` 目录下所有的 `.nii.gz` 文件的分辨率修改为 `(1.0, 1.0, 1.0)`，并保存到 `output_dir` 目录下。