prodigal怎么搭配nohup

Prodigal是一个Linux命令行工具，用于追踪和限制进程使用的系统资源，如CPU时间、内存等。当与`nohup`一起使用时，可以帮助你在后台运行一个prodigal监控脚本，即使用户关闭了终端窗口，进程仍会继续运行。

以下是使用它们的简单步骤：

1. 首先，确保你已经安装了`prodigal`。如果没有，可以使用包管理器（如apt-get或yum）来安装。

2. 创建一个bash脚本，例如`monitor_prodigal.sh`，内容如下：

   #!/bin/bash
   nohup prodigal -f [your_log_file.txt] your_process_to_monitor &

这里 `[your_log_file.txt]`是你想要日志文件的位置，`your_process_to_monitor`是要监控的具体进程名。

3. 给脚本添加执行权限：

   chmod +x monitor_prodigal.sh

4. 执行脚本，它将在后台启动并持续监控指定的进程。即使你退出当前shell或终端窗口，进程也不会停止。

相关问题

Linux prodigal

Linux下使用prodigal的步骤如下：

1. 首先，你可以在GitHub上下载prodigal的发布版本。根据你提供的引用，你可以在https://github.com/hyattpd/Prodigal/releases/tag/v2.6.3找到发布版本。根据你的操作系统选择相应的版本下载，有Windows、Linux和OS系统的版本可供选择。

2. 如果你使用的是Linux系统，在下载完成后，你需要解压下载的文件。

3. 解压完成后，使用终端进入解压后的文件夹，并执行make命令，这将编译prodigal。

4. 之后，你可以根据你的需求使用prodigal进行原核生物CDS的预测。根据你提供的引用，prodigal的命令格式为：
prodigal -i /your/inputpath/1234_genomic.fasta -g 11 -a /your/outputpath/1234_prodigal_protein.faa

其中，-i参数用于指定输入的核苷酸序列文件，-g参数用于指定密码子表（默认为11），-a参数用于指定输出的氨基酸序列文件。你可以根据你的实际情况修改输入路径和输出路径，同时保持文件名的一致性。

5. 如果你需要批量执行prodigal，可以编写一个脚本来自动处理多个文件。你提供的代码示例可以作为一个参考，它展示了如何使用Python编写一个处理多个物种的prodigal脚本。你可以根据自己的需求对代码进行修改和扩展。

总结起来，你可以通过下载和编译prodigal，然后使用命令行参数来指定输入和输出路径，以在Linux下使用prodigal进行原核生物CDS的预测。希望这些步骤对你有帮助。

conda安装prodigal

Prodigal是一种基因预测软件，它可以从细菌、古菌、叶绿体、线粒体等生物序列中预测基因。要安装Prodigal，可以使用conda来进行安装。具体步骤如下：

1. 首先安装conda。可以在Anaconda官网下载适合自己操作系统的版本，然后进行安装。

2. 打开终端（或者Anaconda Prompt），输入以下命令来创建一个新的conda环境并进入该环境：

   conda create -n prodigal_env
   conda activate prodigal_env

3. 使用以下命令来安装Prodigal：

   conda install -c bioconda prodigal

这将会自动下载并安装Prodigal及其依赖项。

4. 安装完成后，使用以下命令来验证Prodigal是否已经正确安装：

   prodigal -h

如果正确安装，将会输出Prodigal的帮助信息。