理解prodigal输出文件类型

Prodigal 是一种广泛使用的基因预测工具，能够从原核基因组序列中自动识别编码蛋白质的开放阅读框架 (ORF)。Prodigal 工具的输出文件类型主要有两种，分别是 GFF3 和 FASTA 格式。

GFF3 文件包含了预测的基因的注释信息，每个基因由一条注释记录来表示，其中包含了基因的起始位置、终止位置、方向、外显子和内含子等信息。GFF3 文件还可以包含其他的注释信息，如基因名称、功能注释等。GFF3 文件可以使用文本编辑器或者 GFF 解析器来查看和解析。

FASTA 文件包含了预测的基因的序列信息，每个基因的序列由一个以符号 ">" 开头的注释行和一个紧随其后的序列行组成。FASTA 文件可以使用文本编辑器或者序列分析软件来查看和分析。

需要注意的是，Prodigal 工具的输出文件中还包含了一些其他的文件，如训练模型文件、参数文件等，这些文件通常由程序自动创建，用户一般不需要使用或修改。