摩根指纹不适用于监督算法吗?ECFP指纹有那些类型呢?可以用代码进行演示吗?ECFP指纹的类型是object还是float呢?如果用代码演示如果是object可以转化为float并放入原始数据集吗?
时间: 2024-04-14 09:29:16 浏览: 187
Finger初始版本c++代码,有利于帮助理解指纹生成过程,编译文件里面都有
Morgan指纹(也称为ECFP)是一种常用的分子指纹方法,它可以用于监督学习算法。Morgan指纹是一种循环指纹,可以捕捉分子的局部环境信息。
在RDKit中,Morgan指纹有两种类型:BitVect和SparseBitVect。BitVect是一种稠密的二进制指纹,而SparseBitVect是一种稀疏的二进制指纹。这两种类型的Morgan指纹在RDKit中都被表示为object类型。
如果你希望将Morgan指纹转换为浮点数类型,并将其放入原始数据集中,可以使用RDKit提供的方法将二进制指纹转换为浮点数。以下是一个示例代码:
```python
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
import numpy as np
# 生成分子
mol = Chem.MolFromSmiles('CCO')
# 生成Morgan指纹(半径为2,长度为2048)
fp = AllChem.GetMorganFingerprintAsBitVect(mol, 2, nBits=2048)
# 转换为稠密向量
dense_fp = np.array(fp.ToBitString(), dtype=np.float32)
print(dense_fp)
```
使用上述代码,你可以将Morgan指纹转换为浮点数类型,并将其放入原始数据集中进行进一步的处理和分析。
注意:在将分子指纹放入原始数据集时,你需要确保数据集中的其他特征和目标变量(如果有)都以适当的方式进行预处理和特征缩放,以便在训练监督学习模型时获得更好的性能。
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