我想做关于监督学习,利用机器学习的回归算法的分析,同时这里面有一列特征是分子的SMILES,我想转换成连续值或者浮点数的的分子指纹,符合上述所有条件的分子指纹方法有哪些,可以用代码举例说明吗
时间: 2024-04-12 07:27:25 浏览: 156
有几种常见的分子指纹方法可以将SMILES转换为连续值或浮点数特征。以下是一些常用的方法以及使用RDKit库的示例代码:
1. MACCS(Molecular ACCess System)指纹:MACCS指纹是一种基于分子的二进制指纹,但可以通过将其转换为稠密向量来生成连续值。以下是使用RDKit生成MACCS指纹的示例代码:
```python
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import MACCSkeys
def get_maccs_fingerprint(smiles):
# 生成分子
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
# 生成MACCS指纹
fp = MACCSkeys.GenMACCSKeys(mol)
# 转换为稠密向量
dense_fp = fp.ToBitString()
return dense_fp
smiles = 'CCO'
maccs_fp = get_maccs_fingerprint(smiles)
print(maccs_fp)
```
2. Morgan指纹:Morgan指纹是一种基于分子结构的循环指纹。它可以通过设置参数来生成具有不同长度和稠密度的连续值。以下是使用RDKit生成Morgan指纹的示例代码:
```python
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
def get_morgan_fingerprint(smiles, radius, nBits):
# 生成分子
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
# 生成Morgan指纹
fp = AllChem.GetMorganFingerprintAsBitVect(mol, radius, nBits=nBits)
# 转换为稠密向量
dense_fp = fp.ToBitString()
return dense_fp
smiles = 'CCO'
morgan_fp = get_morgan_fingerprint(smiles, radius=2, nBits=2048)
print(morgan_fp)
```
这里只是展示了使用RDKit库生成MACCS指纹和Morgan指纹的示例代码。除此之外,还有其他分子指纹方法,如ECFP(Extended Connectivity Fingerprints)、Daylight指纹等。你可以根据需求选择适合你的数据集和模型的分子指纹方法,并使用相应的代码生成特征。
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