使用GATK的combinegvcf模块合并gvcf文件,可是到了这一步Using GATK jar /stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050434/biosoft/gatk4.3/gatk-4.3.0.0/gatk-package-4.3.0.0-local.jar Running: java -Dsamjdk.use_async_io_read_samtools=false -Dsamjdk.use_async_io_write_samtools=true -Dsamjdk.use_async_io_write_tribble=false -Dsamjdk.compression_level=2 -jar /stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050434/biosoft/gatk4.3/gatk-4.3.0.0/gatk-package-4.3.0.0-local.jar CombineGVCFs -R /stor9000/apps/users/NWSUAF/2008115251/genomes/ARS-UCD1.2_Btau5.0.1Y.fa --variant /stor9000/apps/users/NWSUAF/2020055419/home/xncattle/03.GVCF/01_out_GVCF/XN_22/1_XN_22.g.vcf.gz --variant /stor9000/apps/users/NWSUAF/2020055419/home/xncattle/03.GVCF/01_out_GVCF/XN_18/1_XN_18.g.vcf.gz -O /stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050469/candy/bwa/gatk/Combine/chr1.g.vcf.gz 09:10:40.524 INFO NativeLibraryLoader - Loading libgkl_compression.so from jar:file:/stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050434/biosoft/gatk4.3/gatk-4.3.0.0/gatk-package-4.3.0.0-local.jar!/com/intel/gkl/native/libgkl_compression.so 09:10:50.696 INFO CombineGVCFs - ------------------------------------------------------------ 09:10:50.697 INFO CombineGVCFs - The Genome Analysis Toolkit (GATK) v4.3.0.0 09:10:50.697 INFO CombineGVCFs - For support and documentation go to https://software.broadinstitute.org/gatk/ 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - Executing as 2022050469@node54 on Linux v3.10.0-1127.el7.x86_64 amd64 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - Java runtime: Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM v1.8.0_72-b15 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - Start Date/Time: July 21, 2023 9:10:40 AM CST 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - ------------------------------------------------------------ 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - ------------------------------------------------------------ 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - HTSJDK Version: 3.0.1 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - Picard Version: 2.27.5 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - Built for Spark Version: 2.4.5 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - HTSJDK Defaults.COMPRESSION_LEVEL : 2 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - HTSJDK Defa就停止了,没有输出文件,也没有报错文件
时间: 2023-08-08 16:08:41 浏览: 163
根据您提供的日志信息,目前还不清楚具体原因。不过,有几个常见的问题可能导致gvcf文件合并失败:
1. 文件路径或名称错误:请确保输入的gvcf文件路径和名称正确,并且文件存在于指定的位置。
2. 工具版本不兼容:检查您使用的GATK版本是否与您的数据兼容。有时,不同版本的GATK可能具有不同的参数或支持不同的功能。
3. 内存不足:合并多个gvcf文件可能需要较大的内存。请确保您的系统具有足够的可用内存来处理合并操作。
4. 磁盘空间不足:检查您的系统磁盘空间是否足够容纳合并后的gvcf文件。如果磁盘空间不足,合并操作可能会失败。
5. 输入文件格式错误:确保输入的gvcf文件格式正确,并且符合GATK的要求。
如果您能提供更多详细信息,如错误消息或其他日志输出,我可以更准确地帮助您解决问题。
相关问题
GATK合并gvcf文件
GATK可以用来合并多个个体的gVCF文件,生成一个joint-called VCF文件。下面是基本的合并gVCF文件的命令:
```
gatk CombineGVCFs \
-R reference.fasta \
--variant sample1.g.vcf \
--variant sample2.g.vcf \
-O cohort.g.vcf
```
其中,`-R`选项指定参考基因组文件,`--variant`选项指定需要合并的gVCF文件,`-O`选项指定输出的joint-called VCF文件。
如果你有多个gVCF文件需要合并,可以将所有的gVCF文件都列出来,例如:
```
gatk CombineGVCFs \
-R reference.fasta \
--variant sample1.g.vcf \
--variant sample2.g.vcf \
--variant sample3.g.vcf \
--variant sample4.g.vcf \
--variant sample5.g.vcf \
-O cohort.g.vcf
```
如果你的样品数量很多,可以使用GATK4.0版本中新增的`GenomicsDBImport`工具进行导入和合并。该工具可以将gVCF文件导入到一个用于联合调用的GenomicsDB数据库中,并最终生成一个joint-called VCF文件。下面是使用`GenomicsDBImport`工具导入gVCF文件的命令:
```
gatk GenomicsDBImport \
--genomicsdb-workspace-path my_database \
-L interval.bed \
--sample-name-map sample_map.txt \
--tmp-dir=/scratch/tmp \
--reader-threads 5
```
其中,`--genomicsdb-workspace-path`选项指定GenomicsDB数据库的路径,`-L`选项指定区间文件,`--sample-name-map`选项指定样品名列表文件,`--tmp-dir`选项指定临时文件夹路径,`--reader-threads`选项指定读取线程数。
最后,我们可以使用`GenotypeGVCFs`工具对GenomicsDB数据库中的gVCF文件进行joint-calling,生成joint-called VCF文件:
```
gatk GenotypeGVCFs \
-R reference.fasta \
-V gendb://my_database \
-O cohort.g.vcf
```
其中,`-R`选项指定参考基因组文件,`-V`选项指定GenomicsDB数据库路径,`-O`选项指定输出的joint-called VCF文件。
哪里可以直接下载gatk gvcf数据
可以在GATK官方网站上找到直接下载GATK gVCF数据的链接。在官方网站上,你可以找到GATK的下载页面,其中包含了GATK的各个版本和相应的数据文件。在下载页面上,你可以找到与你所需版本相匹配的gVCF数据文件,并通过点击相应的链接进行下载。下载完成后,你可以将下载的文件用于相应的研究或分析工作。
除了官方网站,你还可以在一些公共数据库或资源库中找到可用的GATK gVCF数据。例如,国际人类基因组计划(1000 Genomes Project)提供了一些基因组变异的公共数据,其中包括gVCF格式的数据。你可以访问该项目的网站,查找与你研究相关的数据,并进行下载和使用。
此外,一些科研机构或实验室也可能在其网站上提供可下载的GATK gVCF数据。你可以通过搜索相关的研究机构或实验室的网站,并查看他们是否提供有关数据的下载链接或说明。
需要注意的是,下载GATK gVCF数据时,你应该确保选择与你的研究目的相匹配的数据集,并遵循相应的数据使用规定和许可证。此外,如果数据来自于不同的资源或数据库,你可能还需要考虑数据的一致性和可靠性,并根据需要进行数据处理和清洗。