GATK4和GATK一样吗,使用gatk4进行SNP过滤应该怎样进行
时间: 2024-09-13 21:18:41 浏览: 17
GATK4(Genome Analysis Toolkit version 4)并不是GATK(Genome Analysis Toolkit version 3)的简单升级,而是完全重构的一个新一代工具集。它采用了更现代的架构和设计理念,提供了一套更高效、模块化和用户友好的接口。
对于SNP(Single Nucleotide Polymorphism)过滤,GATK4通常使用`VariantFiltration`工具来进行。在GATK4中,你需要首先对变异数据(如VCF文件)进行初步质量控制(QC),这包括检查诸如低覆盖区域、错误率等指标。以下是基本步骤:
1. **加载数据**:使用`SelectVariants`选择感兴趣的样本和/或特定位置的数据。
```
SelectVariants -R reference.fasta -V input.vcf.gz -L target_regions.bed -O qc_input.vcf
```
2. **运行预过滤**:应用一些内置的过滤规则,比如最低质量分数(QScore)、覆盖度等。
```
VariantFiltration -R reference.fasta -V qc_input.vcf -filterName "LowQD" --filterExpression "QD < 2.0" --filterLevel "PASS" -O initial_filter.vcf
```
3. **自定义过滤**:如果需要,可以编写自定义过滤条件,并添加到`VariantAnnotator`或创建新的过滤规则。
```
AnnotateVariants -R reference.fasta -V initial_filter.vcf --alwaysAppendAnnotation --annotation QD,FS ... -O annotated.vcf
VariantFiltration -R reference.fasta -V annotated.vcf ... --filterExpression "FS > 60.0" -O final_filtered.vcf
```
4. **检查结果**:最后查看最终的filtered.vcf文件,确认SNPs是否满足你的过滤标准。