在gatk4-4.3.0.0-0中“stand_call_conf”命令不能够使用，那么设置最低可信度阈值的命令或者参数是什么

在GATK4（Genome Analysis Toolkit version 4）中，如果你想要设置最低可信度阈值（通常称为"confidence threshold"），替换"stand_call_conf"的是`--filter-expression`或`--filter-threshold`选项。这两个参数允许你自定义过滤条件，例如只保留那些具有特定质量分数（如QUAL score）或概率（如Phred-scaled likelihoods）超过某个值的碱基。

具体的例子命令可能是这样的：

gatk ApplyRecalibration \
--input bam_file \
-- recalibrateKnown=true | \
--resource knownSites.vcf.gz \
--mode SNP \
--recalFile output.recal_data.table \
--tranchesFile output.tranches.json \
--filteredbam output.filtered.bam \
--filter-expression "QD < 2.0 || FS > 60.0 || MQ < 40.0 || MQRankSum < -12.5 || ReadPosRankSum < -8.0" \
--filter-threshold 99.9 \

在这个例子中，`--filter-expression`设置了过滤条件，`--filter-threshold 99.9`表示只有当样本通过所有表达式测试的概率小于0.001（即99.9%的置信水平），才会被过滤掉。