对转录组进行SNP调用时，应该怎样修改这一命令，特别是这里：--genotyping-mode DISCOVERY

在对转录组进行单核苷酸多态性 (Single Nucleotide Polymorphism, SNP) 调用时，`HaplotypeCaller` 命令需要针对转录本数据 (Transcriptome data) 进行一些调整。特别地，关于 `--genotyping-mode` 参数，如果你想要专注于转录本特定的SNPs，你应该将其设置为 "GENOTYPE_GIVEN_ALLELES" 或 "GENOTYPE_LIKELIHOODS"。

例如，如果你已经有了预先确定的候选SNP列表，可以使用 `GENOTYPE_GIVEN_ALLELES`，传递该列表给 `--alleles` 参数：

gatk HaplotypeCaller -R reference_transcripts.gtf -I transcriptome.bam --alleles candidate_snps.txt --genotyping_mode GENOTYPE_GIVEN_ALLELES --stand_call_conf 30 --emit_ref_confidence GVCF -O transcriptome_snps.vcf.gz

如果你需要计算每个位置的SNP可能性（而不是直接的二倍型），则选择 `GENOTYPE_LIKELIHOODS` 模式：

gatk HaplotypeCaller -R reference_transcripts.gtf -I transcriptome.bam --genotyping_mode GENOTYPE_LIKELIHOODS --stand_call_conf 30 --emit_ref_confidence GVCF -O transcriptome_likelihoods.vcf.gz

在这个例子中，`transcriptome.gtf` 替换了原命令中的基因组fasta，`candidate_snps.txt` 和 `transcriptome.bam` 分别代表转录本候选SNP列表和输入的BAM文件。