首页上述报错shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output hwe_pashing --output-log hwe_pashing.log Phaser mode : option '--output' is ambiguous and matches '--output-from', '--output-graph', '--output-log', '--output-max', and '--output-to

上述报错shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output hwe_pashing --output-log hwe_pashing.log Phaser mode : option '--output' is ambiguous and matches '--output-from', '--output-graph', '--output-log', '--output-max', and '--output-to

时间: 2024-03-31 16:35:16 浏览: 114

haplogrep-cmd:HaploGrep-mtDNA单倍群分类。支持rCRS和RSRS

Haplogrep是用于mtDNA单倍群分类的命令行工具。我们还提供haplogrep作为一种快速免费的。您可以上传与rCRS或RSRS （测试版）对齐的mtDNA配置文件，并获得线粒体单倍体作为回报。支持FASTA ， VCF和hsd输入文件。到目前为止，Haplogrep和更新的Haplogrep 2已被引用700多次（Google学术搜索-2020年8月13日）。请加入我们的以获取将来的更新和正在进行的讨论。要求 Java 8或更高版本下载并安装使用以下命令从我们的下载页面下载并安装最新版本： curl -sL haplogrep.now.sh | bash ./haplogrep 可用工具当前有两种工具可用。允许将输入配置文件分类为单倍组。计算两个单元组之间的距离。 Haplogrep分类使用测试数据运行Haplogrep分类 wget https

看起来你使用了ShapeIt软件的命令行工具，并且在使用Phaser模式时出现了问题。根据报错信息，你使用了"--output"选项，但该选项与其他多个选项重名，导致程序无法判断你到底想要使用哪个选项。建议你使用更具体的选项名称，以避免这种歧义。比如，你可以使用"--output-phasing"选项来指定输出文件名。

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