上述报错shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output hwe_pashing --output-log hwe_pashing.log Phaser mode : option '--output' is ambiguous and matches '--output-from', '--output-graph', '--output-log', '--output-max', and '--output-to

时间: 2024-03-31 18:35:16 浏览: 16
看起来你使用了ShapeIt软件的命令行工具,并且在使用Phaser模式时出现了问题。根据报错信息,你使用了"--output"选项,但该选项与其他多个选项重名,导致程序无法判断你到底想要使用哪个选项。建议你使用更具体的选项名称,以避免这种歧义。比如,你可以使用"--output-phasing"选项来指定输出文件名。
相关问题

报错shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output-phasing hwe_pashing --output-log hwe_pashing.log Phaser mode : unrecognised option '--output-phasing'

抱歉,我的前面回答有误。根据你的新报错信息,看起来ShapeIt并不支持"--output-phasing"选项。可以尝试使用以下命令: ``` shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output hwe_pashing.phased --output-map hwe_pashing.map --output-log hwe_pashing.log --thread 8 ``` 其中,"--output"选项指定输出的phase文件名,"--output-map"选项指定输出的marker信息文件名,"--output-log"选项指定输出的日志文件名,"--thread"选项指定使用的线程数。请根据你的实际需求进行相应的修改。

上述仍然报错shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output hwe_pashing.phased --output-map /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/hapmap_3.3.hg38.vcf.gz --output-log hwe_pashing.log --thread 8 Phaser mode : option '--output' is ambiguous and matches '--output-from', '--output-graph', '--output-log', '--output-max', and '--output-to'

看起来问题出在"--output-map"选项上。根据报错信息,该选项的值应该是一个文件名,但你提供的是一个VCF文件的路径。建议你指定一个文件名来作为输出的marker信息文件。比如,你可以使用"--output-map hwe_pashing.map"选项来指定输出文件名。请尝试以下命令: ``` shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output hwe_pashing.phased --output-map hwe_pashing.map --output-log hwe_pashing.log --thread 8 ``` 其中,"--output-map"选项指定输出的marker信息文件名。请根据你的实际需求进行相应的修改。

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