上述仍然报错shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output hwe_pashing.phased --output-map /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/hapmap_3.3.hg38.vcf.gz --output-log hwe_pashing.log --thread 8 Phaser mode : option '--output' is ambiguous and matches '--output-from', '--output-graph', '--output-log', '--output-max', and '--output-to'

看起来问题出在"--output-map"选项上。根据报错信息，该选项的值应该是一个文件名，但你提供的是一个VCF文件的路径。建议你指定一个文件名来作为输出的marker信息文件。比如，你可以使用"--output-map hwe_pashing.map"选项来指定输出文件名。请尝试以下命令：

shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output hwe_pashing.phased --output-map hwe_pashing.map --output-log hwe_pashing.log --thread 8

其中，"--output-map"选项指定输出的marker信息文件名。请根据你的实际需求进行相应的修改。