在Linux服务器上过滤snp,代码是“freebayes -f /share/home/xsw1/database/refdata-cellranger-GRCh38-3.0.0/fasta/genome.fa /share/home/xsw1/data/CMO/cmo4/cmo4_sort.bam -i Xu -C 2 -q 20 -n 3 -E 1 -m 30 --min-coverage 6 --limit-coverage 100000 --pooled-continuous >/share/home/xsw1/usr/wxf/SNP_calling/filter2.vcf” 报错是“terminate called after throwing an instance of 'std::out_of_range' what(): basic_string::substr: __pos (which is 18446744073709551614) > this->size() (which is 2) Aborted” 告诉我如何解决,并给出代码
时间: 2023-09-07 09:11:48 浏览: 257
Bis-SNP:亚硫酸氢盐-seq / NOMe-seq SNP和胞嘧啶甲基化分子-开源
这个错误可能是由于输入参数或文件路径的问题引起的。你可以尝试以下几个步骤来解决这个问题:
1. 检查文件路径:确保输入的参考基因组文件和排序的BAM文件路径是正确的,并且存在于指定的位置。你可以使用 `ls` 命令来验证文件是否存在,例如:
```
ls /share/home/xsw1/database/refdata-cellranger-GRCh38-3.0.0/fasta/genome.fa
ls /share/home/xsw1/data/CMO/cmo4/cmo4_sort.bam
```
2. 检查参数设置:确保你在命令中正确设置了所有需要的参数,并且参数值是有效的。你可以参考相关工具的文档或使用 `-h` 或 `--help` 参数来查看参数的说明和使用示例。
3. 检查内存限制:如果你的服务器内存不足,可能会导致程序崩溃。你可以尝试减少 `--limit-coverage` 参数的值,或增加服务器的可用内存。
4. 检查数据格式:确保输入的参考基因组文件和BAM文件的格式是正确的,并且符合工具的要求。你可以使用其他工具或命令来验证文件格式,如 `samtools` 或 `bcftools`。
如果以上步骤没有解决问题,请提供更多关于你的环境和数据的详细信息,以便我能够更好地帮助你。
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