在Linux服务器上过滤snp,代码是“freebayes -f /share/home/xsw1/database/refdata-cellranger-GRCh38-3.0.0/fasta/genome.fa /share/home/xsw1/data/CMO/cmo4/cmo4_sort.bam -i Xu -C 2 -q 20 -n 3 -E 1 -m 30 --min-coverage 6 --limit-coverage 100000 --pooled-continuous >/share/home/xsw1/usr/wxf/SNP_calling/filter2.vcf” 报错是“terminate called after throwing an instance of 'std::out_of_range' what(): basic_string::substr: __pos (which is 18446744073709551614) > this->size() (which is 2) Aborted” 告诉我如何解决,并给出代码
时间: 2023-09-07 11:11:48 浏览: 91
这个错误可能是由于输入参数或文件路径的问题引起的。你可以尝试以下几个步骤来解决这个问题:
1. 检查文件路径:确保输入的参考基因组文件和排序的BAM文件路径是正确的,并且存在于指定的位置。你可以使用 `ls` 命令来验证文件是否存在,例如:
```
ls /share/home/xsw1/database/refdata-cellranger-GRCh38-3.0.0/fasta/genome.fa
ls /share/home/xsw1/data/CMO/cmo4/cmo4_sort.bam
```
2. 检查参数设置:确保你在命令中正确设置了所有需要的参数,并且参数值是有效的。你可以参考相关工具的文档或使用 `-h` 或 `--help` 参数来查看参数的说明和使用示例。
3. 检查内存限制:如果你的服务器内存不足,可能会导致程序崩溃。你可以尝试减少 `--limit-coverage` 参数的值,或增加服务器的可用内存。
4. 检查数据格式:确保输入的参考基因组文件和BAM文件的格式是正确的,并且符合工具的要求。你可以使用其他工具或命令来验证文件格式,如 `samtools` 或 `bcftools`。
如果以上步骤没有解决问题,请提供更多关于你的环境和数据的详细信息,以便我能够更好地帮助你。
相关问题
报错shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output-phasing hwe_pashing --output-log hwe_pashing.log Phaser mode : unrecognised option '--output-phasing'
抱歉,我的前面回答有误。根据你的新报错信息,看起来ShapeIt并不支持"--output-phasing"选项。可以尝试使用以下命令:
```
shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output hwe_pashing.phased --output-map hwe_pashing.map --output-log hwe_pashing.log --thread 8
```
其中,"--output"选项指定输出的phase文件名,"--output-map"选项指定输出的marker信息文件名,"--output-log"选项指定输出的日志文件名,"--thread"选项指定使用的线程数。请根据你的实际需求进行相应的修改。
上述仍然报错shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output hwe_pashing.phased --output-map /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/hapmap_3.3.hg38.vcf.gz --output-log hwe_pashing.log --thread 8 Phaser mode : option '--output' is ambiguous and matches '--output-from', '--output-graph', '--output-log', '--output-max', and '--output-to'
看起来问题出在"--output-map"选项上。根据报错信息,该选项的值应该是一个文件名,但你提供的是一个VCF文件的路径。建议你指定一个文件名来作为输出的marker信息文件。比如,你可以使用"--output-map hwe_pashing.map"选项来指定输出文件名。请尝试以下命令:
```
shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output hwe_pashing.phased --output-map hwe_pashing.map --output-log hwe_pashing.log --thread 8
```
其中,"--output-map"选项指定输出的marker信息文件名。请根据你的实际需求进行相应的修改。
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