vcftools 进行SNP过滤，代码是：vcftools --gzvcf 01chanjielongnaoxiong.genotype.vcf.gz --max-missing 0.9 --min-alleles 2 --max-alleles 2 --remove-indels --maf 0.05 --recode --out 01chanjielongnaoxiong.snp.vcf之后输出的结果文件名是什么？

vcftools命令会输出两个结果文件：

1. 以"--out"参数指定的结果文件前缀，后跟".recode.vcf"后缀。例如，如果"--out"参数为"01chanjielongnaoxiong.snp.vcf"，则输出的结果文件名为"01chanjielongnaoxiong.snp.recode.vcf"。
2. 以"--out"参数指定的结果文件前缀，后跟".log"后缀。例如，如果"--out"参数为"01chanjielongnaoxiong.snp.vcf"，则输出的日志文件名为"01chanjielongnaoxiong.snp.log"。日志文件包含命令运行期间的详细信息和警告。

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报错shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output-phasing hwe_pashing --output-log hwe_pashing.log Phaser mode : unrecognised option '--output-phasing'

抱歉，我的前面回答有误。根据你的新报错信息，看起来ShapeIt并不支持"--output-phasing"选项。可以尝试使用以下命令：

shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output hwe_pashing.phased --output-map hwe_pashing.map --output-log hwe_pashing.log --thread 8

其中，"--output"选项指定输出的phase文件名，"--output-map"选项指定输出的marker信息文件名，"--output-log"选项指定输出的日志文件名，"--thread"选项指定使用的线程数。请根据你的实际需求进行相应的修改。

上述仍然报错shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output hwe_pashing.phased --output-map /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/hapmap_3.3.hg38.vcf.gz --output-log hwe_pashing.log --thread 8 Phaser mode : option '--output' is ambiguous and matches '--output-from', '--output-graph', '--output-log', '--output-max', and '--output-to'

看起来问题出在"--output-map"选项上。根据报错信息，该选项的值应该是一个文件名，但你提供的是一个VCF文件的路径。建议你指定一个文件名来作为输出的marker信息文件。比如，你可以使用"--output-map hwe_pashing.map"选项来指定输出文件名。请尝试以下命令：

shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output hwe_pashing.phased --output-map hwe_pashing.map --output-log hwe_pashing.log --thread 8

其中，"--output-map"选项指定输出的marker信息文件名。请根据你的实际需求进行相应的修改。