SnpEff.vcf --chr"" " $1" " "--from-bp"" "$2" "

要使用SnpEff.vcf对特定区域进行过滤，你需要使用以下命令行参数：

SnpEff.vcf --chr [染色体编号] --from-bp [起始位置] --to-bp [结束位置]

其中，[染色体编号]为你要过滤的染色体编号，[起始位置]和[结束位置]分别为你要过滤的区域的起始和结束位置。

可以将上述命令行参数与你提供的引用内容中的命令行参数组合使用，以实现对SNP位点的过滤。请注意，你可能还需要根据自己的需求添加其他的参数或选项。

例如，假设你要对染色体1的区域从100到200进行过滤，你可以使用以下命令：

SnpEff.vcf --chr 1 --from-bp 100 --to-bp 200

这将在SnpEff.vcf中仅保留位于染色体1的100到200区域内的SNP位点。请根据你的实际情况调整命令行参数。