哪些SNP注释工具可用于注释SNP,并提供其起始位置信息
时间: 2024-05-22 13:16:46 浏览: 292
snp_tools:一套用于SNP分析的工具和附加组件
以下是一些常用的SNP注释工具,它们都可以提供SNP的起始位置信息:
1. ANNOVAR:一款广泛使用的SNP注释工具,可以注释各类功能区(exon、intron、5'UTR、3'UTR等)。提供的输出文件包括注释位置、变异类型、基因名、转录本ID等信息。
2. SnpEff:可以注释SNP在基因组中的位置、影响的基因、影响的转录本以及影响的蛋白质。支持多种物种。
3. VEP(Variant Effect Predictor):可以注释各种类型的变异,包括SNP、indel、CNV等。提供详细的注释信息,包括变异类型、影响的基因、影响的蛋白质、功能影响等。
4. dbSNP:NCBI的数据库,可以查找已知SNP的位置和注释信息,也可以上传自己的SNP数据进行注释。
5. GATK(Genome Analysis Toolkit):可以注释SNP的位置、影响的基因、影响的转录本等信息。支持多种物种。
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