SNP注释工具有哪些,能用R语言批处理吗
时间: 2024-06-06 12:07:17 浏览: 167
kSNP:kSNP从整个基因组中进行SNP发现和SNP注释-开源
常用的SNP注释工具包括:Ensembl Variant Effect Predictor (VEP)、ANNOVAR、SnpEff、VariantAnnotation等。这些工具可以对SNP进行注释,包括基因功能、蛋白质效应、疾病关联等信息。
可以使用R语言对这些工具进行批处理,比如使用VariantAnnotation包对大量的SNP进行注释,可以编写脚本实现自动化处理。同时,R语言也可以对注释结果进行可视化和统计分析。
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