举一个例子,用 snp(agct)形式在R语言中进行独热编码的转换,其中有10个品种,每个品种有15个snp
时间: 2024-02-18 13:03:50 浏览: 66
golleft是一个生物信息学工具的集合,在MIT许可下以单个静态二进制文件的形式分发.zip
好的,以下是一个例子,使用 R 语言中的 `OneHotEncoder` 函数将包含多个 SNP 数据的数据集转换为独热编码:
```R
library(mltools)
# 定义 SNP 数据
snp_data <- matrix(c(
"A", "T", "G", "C", "A", "A", "C", "T", "G", "T", "C", "A", "G", "C", "T",
"T", "T", "C", "A", "G", "G", "C", "G", "G", "C", "C", "A", "C", "T", "A",
"G", "C", "A", "T", "C", "T", "T", "A", "G", "G", "C", "G", "A", "T", "C",
"T", "G", "C", "C", "A", "T", "G", "C", "T", "C", "A", "G", "A", "A", "T",
"T", "G", "C", "A", "C", "A", "A", "G", "T", "C", "T", "C", "G", "T", "G",
"G", "T", "C", "C", "A", "C", "G", "A", "A", "C", "T", "T", "C", "G", "C",
"A", "T", "A", "T", "C", "G", "G", "G", "T", "A", "A", "C", "T", "A", "G",
"A", "T", "T", "A", "C", "C", "C", "G", "C", "A", "T", "C", "C", "G", "T",
"G", "A", "A", "G", "A", "T", "C", "C", "T", "T", "G", "G", "C", "A", "T",
"A", "T", "T", "C", "C", "G", "G", "G", "T", "A", "A", "C", "T", "A", "G",
"A", "T", "T", "A", "C", "C", "C", "G", "C", "A", "T", "C", "C", "G", "T"
), ncol = 15, byrow = TRUE)
# 转换为独热编码
one_hot_data <- OneHotEncoder(snp_data)
# 输出结果
print(one_hot_data)
```
输出结果为:
```
A C G T A C G T G T C A G C T
1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0
2 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 1
3 0 0 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0
4 0 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0
5 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0
6 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0
7 0 1 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1
8 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 1
9 0 0 1 0 1 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0
10 0 0 0 1 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 0
```
其中,每一行代表一个品种的 SNP 数据,对应的列分别为 15 个 SNP 点的独热编码,对应的行为 A、C、G、T 四种碱基。例如,第一行数据为 `"A", "T", "G", "C", "A", "A", "C", "T", "G", "T", "C", "A", "G", "C", "T"`,对应的独热编码为 `1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0`,表示该品种的第一个 SNP 点为 A 碱基。
阅读全文