用代码实现将snp数据独热编码成[[1 0 0 0] [0 0 1 0]...]的形式,请拿10个品种每个品种有15个snp举例
时间: 2023-12-08 15:03:25 浏览: 156
好的,下面是用Python实现将snp数据独热编码的代码,其中假设每个SNP位点有三种基因型(比如AA、AB、BB),将其转化为独热编码形式(比如[1 0 0]、[0 1 0]、[0 0 1]):
```python
import numpy as np
# 假设有10个品种,每个品种有15个SNP
snp_data = np.random.randint(0, 3, size=(10, 15))
# 独热编码
one_hot_data = np.zeros((10, 15, 3))
for i in range(10):
for j in range(15):
one_hot_data[i, j, snp_data[i, j]] = 1
```
其中,`snp_data`是一个形状为`(10, 15)`的二维数组,表示10个品种每个品种有15个SNP,每个SNP的值为0、1或2(代表3种基因型中的一种)。`one_hot_data`是一个形状为`(10, 15, 3)`的三维数组,表示10个品种每个品种有15个SNP,每个SNP被独热编码后的结果。例如,`one_hot_data[0, 0]`是一个形状为`(3,)`的一维数组,代表第1个品种的第1个SNP被独热编码后的结果。
希望这个代码能够帮到你。如果有任何疑问,请随时追问。
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