``` mpirun -r ssh -genv I_MPI_PIN_PROCESSOR_LIST bunch -n 16 gmx_mpi mdrun -s em.tpr -deffnm em```pdsh是什么？

`pdsh` (Parallel Data Shell)是一个命令行工具，它通常用于管理和并行运行分布式计算任务，特别是在Linux环境下。当你看到这个命令行组合：

mpirun  -r ssh   -genv I_MPI_PIN_PROCESSOR_LIST bunch  -n 16 gmx_mpi mdrun  -s em.tpr -deffnm em

其中`mpirun`是一个MPI（Message Passing Interface）启动程序，它用于在分布式环境中执行并行任务。`-r ssh`选项表示mpiexec将通过SSH（Secure Shell）协议远程连接到各个节点。`I_MPI_PIN_PROCESSOR_LIST bunch`指定了处理器的绑定策略（在这个例子中是bunch模式），`-n 16`表示使用16个进程。

`gmx_mpi`可能是GROMACS（一种分子动力学模拟软件）的一个并行版本，`mdrun`是GROMACS的核心运行程序。`-s em.tpr`指定输入坐标文件，`-deffnm em`则是设置默认的工作目录和输出文件前缀。

然而，`pdsh`本身并没有出现在这个命令中。如果你看到`pdsh`，那可能是在某个步骤之前或者之后，用户使用`pdsh`来管理这些命令在多个计算节点上进行分发。例如，用户可能会先使用`pdsh`启动多个`mpirun`实例，每个实例在不同的主机上运行上述命令。

相关问题

[root@localhost melt]# mpirun -np 4 /zc/lammps-28Mar2023/lmp_mpi -in in.melt [proxy:0:0@localhost.localdomain] HYDU_create_process (lib/utils/launch.c:73): execvp error on file /zc/lammps-28Mar2023/lmp_mpi (No such file or directory) [proxy:0:0@localhost.localdomain] HYDU_create_process (lib/utils/launch.c:73): execvp error on file /zc/lammps-28Mar2023/lmp_mpi (No such file or directory) [proxy:0:0@localhost.localdomain] HYDU_create_process (lib/utils/launch.c:73): execvp error on file /zc/lammps-28Mar2023/lmp_mpi (No such file or directory) [proxy:0:0@localhost.localdomain] HYDU_create_process (lib/utils/launch.c:73): execvp error on file /zc/lammps-28Mar2023/lmp_mpi (No such file or directory)

这个错误提示显示LAMMPS程序仍然无法找到lmp_mpi文件，该文件在路径“/zc/lammps-28Mar2023/lmp_mpi”中。请再次检查该路径是否正确，并确保lmp_mpi文件确实位于该路径中。

如果lmp_mpi文件确实位于该路径中，请检查文件权限和文件是否完整。您可以使用以下命令检查文件权限：

ls -l /zc/lammps-28Mar2023/lmp_mpi

如果权限不正确，您可以使用以下命令更改文件权限：

chmod +x /zc/lammps-28Mar2023/lmp_mpi

如果文件不完整或损坏，您可以重新下载或复制该文件。

另外，请确保您正在使用正确版本的LAMMPS程序。如果您使用的是LAMMPS的旧版本，并且lmp_mpi文件是在新版本中添加的，则可能会导致LAMMPS程序无法找到该文件。请使用最新版本的LAMMPS程序。

如果您仍然无法解决问题，请提供更多详细信息，例如操作系统和软件版本，以便我们更好地帮助您。

for d in $(ls | grep ENCUT); do cd $d ; mpirun -np 2 vasp_std ; cd .. ; done

This is a command used to run VASP (Vienna Ab initio Simulation Package) calculations in multiple directories.

Explanation:

- `for d in $(ls | grep ENCUT)` - This line loops through all directories in the current directory that contain the string "ENCUT" in their name.
- `do cd $d` - This line changes the current directory to the directory being looped over.
- `mpirun -np 2 vasp_std` - This line runs the VASP calculation using two processors with the standard VASP executable.
- `cd ..` - This line changes the current directory back to the parent directory.
- `done` - This line ends the loop.

So, in summary, the command runs VASP calculations in all directories that contain the string "ENCUT" in their name, using two processors for each calculation.