from scipy.stats import ttest_ind for i in range(0,len(otu_map_match.index)): if i+1>len(otu_map_match.index): break pvalue = pd.DataFrame() tvalue = pd.DataFrame() tmp1 = otu_map_match.filter(like=otu_map_match.index[i],axis=0).drop(['#SampleID','Group'],axis=1) tmp2 = otu_map_match.filter(like=otu_map_match.index[i+1],axis=0).drop(['#SampleID','Group'],axis=1) for j in range(0,len(otu_map_match.columns)): pvalue.loc[tmp1.index[i],tmp2.index[i]] = ttest_ind(tmp1.iloc[:,j],tmp2.iloc[:,j])[1] tvalue.loc[tmp1.index[i],tmp2.index[i]] = ttest_ind(tmp1.iloc[:,j],tmp2.iloc[:,j])[0]
时间: 2024-03-23 22:37:50 浏览: 131
这段代码没有明显的语法错误,但是其中有一些潜在的逻辑问题:
1. 在判断i+1是否大于len(otu_map_match.index)时,应该使用小于号而不是大于号,否则会跳过最后一个样本;
2. 在for循环中,pvalue和tvalue的行索引和列索引都是用的i而不是j,这样会导致结果被覆盖,应该将i改为j;
3. 在使用ttest_ind函数时,需要确保样本之间的数据长度相等,否则会报错,这个问题需要根据具体数据进行处理。
下面是修改后的代码,您可以参考一下:
```python
from scipy.stats import ttest_ind
pvalue = pd.DataFrame()
tvalue = pd.DataFrame()
for i in range(len(otu_map_match.index) - 1):
tmp1 = otu_map_match.filter(like=otu_map_match.index[i], axis=0).drop(['#SampleID','Group'], axis=1)
tmp2 = otu_map_match.filter(like=otu_map_match.index[i+1], axis=0).drop(['#SampleID','Group'], axis=1)
for j in range(len(otu_map_match.columns)):
if len(tmp1.iloc[:,j]) != len(tmp2.iloc[:,j]):
continue
pvalue.loc[tmp1.columns[j], tmp2.columns[j]] = ttest_ind(tmp1.iloc[:,j], tmp2.iloc[:,j])[1]
tvalue.loc[tmp1.columns[j], tmp2.columns[j]] = ttest_ind(tmp1.iloc[:,j], tmp2.iloc[:,j])[0]
```
希望能对您有所帮助。
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