data_HSPs_All <- read.table ("mRNA.cpm.txt", header=TRUE, row.names=1) Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 1 did not have 86 elements

这个错误通常表示你的输入文件（"mRNA.cpm.txt"）的第一行数据列数不足86个元素，可能是数据格式出现了错误。建议您检查一下输入文件的格式和内容，确保每一行都有正确的86个元素。您可以尝试使用文本编辑器打开文件，检查第一行的内容是否符合要求。如果问题仍然存在，请提供更多的信息，以便我们进一步帮助您解决问题。

相关问题

from Bio.Blast import NCBIXML handle = open("C:/Users/15503/Desktop/fasta转txt/ORF_xml/ORF7.xml",'r') fw = open("ORF7.fasta","w") records = NCBIXML.parse(handle) for rec in records: for align in rec.alignments: for hsp in align.hsps: seq_id = align.title seq = str(hsp.sbjct).replace("-","") start = str(hsp.sbjct_start) end = str(hsp.sbjct_end) length = str(hsp.align_length) evalue = str(hsp.expect) fw.write(">%s %s %s %s %s\n%s\n"%(seq_id,length,evalue,start,end,seq)) fw.close()

这段代码的作用是将NCBI BLAST比对结果文件（XML格式）中的序列信息提取出来，并以FASTA格式的形式保存到文件中。具体实现过程如下：

1. 打开NCBI BLAST比对结果文件（XML格式）。

2. 解析文件中的比对结果，依次遍历每个比对结果。

3. 遍历每个比对结果中的所有比对序列（alignments），并提取每个比对序列的相应信息。在这段代码中，主要提取了比对序列的ID（seq_id）、比对长度（length）、E值（evalue）、比对序列的起始位置（start）和结束位置（end）、比对序列（seq）等信息。

4. 将提取的比对序列信息以FASTA格式的形式写入输出文件中。

需要注意的是，在将比对序列写入输出文件时，使用的是Python中的字符串格式化操作（%s），这样可以方便地将多个变量的值按照指定的格式组合在一起。此外，在写入输出文件时，需要注意文件的打开和关闭操作。

blast过滤短序列的参数

BLAST有一些参数可以用于过滤掉短序列，例如：

1. `-qcov_hsp_perc`：用于设置查询序列与比对结果的匹配比例。较小的`qcov_hsp_perc`值可以过滤掉匹配比例较低的结果。

2. `-dust`：用于过滤掉低复杂度序列。低复杂度序列通常由重复、简单序列或低复杂度区域组成，这些序列可能会干扰比对结果。

3. `-max_hsps`：用于设置每个查询序列最大比对次数。较小的`max_hsps`值可以过滤掉比对次数过多的结果。

4. `-max_target_seqs`：用于设置最大比对序列数。较小的`max_target_seqs`值可以过滤掉比对序列数过多的结果。

例如，以下命令使用`blastn`任务、`-qcov_hsp_perc 80`、`-dust no`、`-max_hsps 1`和`-max_target_seqs 10`参数来过滤掉短序列：

blastn -task blastn -qcov_hsp_perc 80 -dust no -max_hsps 1 -max_target_seqs 10 -query query.fasta -db nr -out output.txt

您可以根据需要尝试不同的参数值来优化比对结果。