if (!require(ape, quietly = TRUE)) install.packages('ape') library(ape) args <- commandArgs(TRUE) if (length(args) >3 && length(args) <2) { cat("usage: Rscript fasta2nexus.R dirname postfix filterout\n") cat("filterout: joined with comma\n") }else{ setwd(args[1]) if(length(args)==2) arg[3] <- "" filter <- unlist(strsplit(arg[3],",")) for (i in grep(paste0(args[2], "$"), value = TRUE, list.files())) { temp <- read.FASTA(i) names(temp) <- gsub("@.*", "", names(temp)) temp <- temp[setdiff(names(temp),filter)] write.nexus.data(temp, paste0(i, ".nex")) } }
时间: 2024-03-31 08:38:45 浏览: 14
这段代码是一个R语言脚本,用于将一个目录下的所有 FASTA 文件转换为 NEXUS 格式,并根据给定的过滤规则过滤掉一部分序列。
首先,检查是否已经安装了 `ape` 包,如果没有则自动安装。然后,读取命令行传入的参数,并根据参数设定工作目录。如果参数不符合要求,则输出使用说明。如果参数符合要求,则读取目录下所有以指定后缀结尾的 FASTA 文件,并将文件名去除 `@` 符号后缀,并根据给定的过滤规则过滤掉一部分序列。最后,将过滤后的序列以 NEXUS 格式保存到同名文件中。
需要注意的是,这段代码中有几个拼写错误和语法错误,需要进行修正才能正确运行。同时,这段代码仅作为示例,如果要在实际应用中使用,需要根据具体需求进行修改。
相关问题
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) + install.packages("BiocManager") Bioconductor version 3.16 (BiocManager 1.30.20), R 4.2.3 (2023-03-15 ucrt) Bioconductor version '3.16' is out-of-date; the current release version '3.17' is available with R version '4.3'; see https://bioconductor.org/install
这是一段 R 语言的代码,用于安装和加载 Bioconductor 包管理器。如果你需要使用 Bioconductor 的相关组件或功能,可以将这段代码复制到 R 语言编辑器中运行即可。这段代码首先会检查 BiocManager 是否已经被安装,如果没有则会自动安装。接着会显示当前 Bioconductor 版本号及其是否已经过期,如果已过期则会提示你更新到最新版本。如果你需要安装特定的 Bioconductor 包,可以使用 BiocManager::install() 命令进行安装。
解释一下 <div class="form-inline col-12 form-group"> <label class="col-3 require" for="type">类型</label> <select class="form-control col-7" id="type" name="type" ng-model="model.type" ng-options="o.id as o.name for o in type"></select> </div>
这是一个 HTML 代码段,它定义了一个表单元素,包括一个标签(label)、一个下拉选择框(select)和相关的样式类。
其中,class="form-inline col-12 form-group" 是指该表单元素将使用 Bootstrap 框架中的 form-inline、col-12 和 form-group 样式类,以呈现为一个行内表单元素,宽度为 100%。
<label class="col-3 require" for="type">类型</label> 定义了一个占据 3 列(col-3)宽度的标签,显示的文本为“类型”,并且标记为必填项(require)。
<select class="form-control col-7" id="type" name="type" ng-model="model.type" ng-options="o.id as o.name for o in type"></select> 定义了一个下拉选择框,占据 7 列(col-7)宽度,使用 Bootstrap 的 form-control 样式类,id 和 name 属性分别为 "type",ng-model 和 ng-options 属性用于与 AngularJS 框架进行数据绑定,实现数据的双向绑定。其中,ng-options 属性用于指定下拉框选项的数据来源和显示格式,这里的格式为“o.name”,表示显示每个选项的名称。