CIRI 和 find_circ 鉴定rna的异处

CIRI 和 find_circ 都是常用的用于鉴定 RNA 中环状结构（circRNA）的工具，它们的原理和方法略有不同。

CIRI 通过将 RNA-seq 测序数据与参考基因组进行比对，然后利用回溯比对结果的方式来鉴定 circRNA，最终输出 circRNA 的位置、长度、基因信息等。CIRI 需要使用 Bowtie 1 进行比对，并且默认只鉴定单个外显子的 circRNA。

而 find_circ 则是通过查找 RNA-seq 测序数据中的反向片段（back-spliced junction）来鉴定 circRNA，它不需要参考基因组，因此可以鉴定新的、未知的 circRNA。find_circ 需要对 RNA-seq 测序数据进行多次比对，并且需要对比对结果进行一系列的过滤、筛选，最终输出高置信度的 circRNA。

因此，CIRI 和 find_circ 都有各自的优缺点，选择使用哪种工具应该根据具体的情况而定。如果已经有参考基因组，且需要鉴定单个外显子的 circRNA，可以考虑使用 CIRI；如果需要鉴定新的、未知的 circRNA，可以考虑使用 find_circ。当然，也可以使用两种工具结合使用，以获得更全面、准确的结果。