cmd运行find_circ命令，通过bam文件进行circlerna的鉴定

要通过 BAM 文件运行 find_circ 进行 circRNA 的鉴定，你可以按照以下步骤进行操作：

1. 打开命令提示符（CMD），可以通过在 Windows 搜索栏中输入 "cmd" 来打开命令提示符。

2. 在命令提示符中，输入以下命令来进入到 find_circ 的解压缩目录中：

cd C:\Users\YourName\Downloads\find_circ

3. 确认你已经进入到了 find_circ 的解压缩目录中，可以输入 `dir` 命令来列出目录中的所有文件和子目录。

4. 输入以下命令来运行 find_circ：

python find_circ.py -g <genome.fa> -p <prefix> -b <bamfile.bam> [--quiet]

其中，`<genome.fa>` 是参考基因组序列的 fasta 格式文件，`<prefix>` 是输出文件的前缀，`<bamfile.bam>` 是已经比对好的 BAM 文件。

5. 等待 find_circ 运行完成，你可以在输出文件中查看鉴定得到的 circRNA 信息。

注意：在运行 find_circ 命令之前，你需要确认已经安装了 Python 2.7、Bowtie 1 和 Samtools，并将它们的路径添加到系统的环境变量中。此外，你还需要使用 RNA-seq 数据或已经比对好的 BAM 文件来运行 CIRCexplorer2 或 CIRI2 这类软件来进行 circRNA 的后续分析。

相关问题

cmd运行find_circ命令

要在命令提示符中运行 find_circ 命令，你需要进入到 find_circ 解压缩后所在的目录。假设你已经将 find_circ 解压缩到了 `C:\Users\YourName\Downloads\find_circ` 目录中，那么你可以按照以下步骤来运行 find_circ 命令：

1. 打开命令提示符（CMD），可以通过在 Windows 搜索栏中输入 "cmd" 来打开命令提示符。

2. 在命令提示符中，输入以下命令来进入到 find_circ 的解压缩目录中：

cd C:\Users\YourName\Downloads\find_circ

3. 确认你已经进入到了 find_circ 的解压缩目录中，可以输入 `dir` 命令来列出目录中的所有文件和子目录。

4. 输入以下命令来运行 find_circ：

python find_circ.py -g <genome.fa> -p <prefix> -1 <read1.fq> -2 <read2.fq> [--quiet]

其中，`<genome.fa>` 是参考基因组序列的 fasta 格式文件，`<prefix>` 是输出文件的前缀，`<read1.fq>` 和 `<read2.fq>` 分别是 RNA-seq 测序数据的第一条和第二条 reads。

注意：在运行 find_circ 命令之前，你需要确认已经安装了 Python 2.7、Bowtie 1 和 Samtools，并将它们的路径添加到系统的环境变量中。

用bam文件在find_circ 进行circlerna的鉴定

好的，我了解你的问题。首先，对于使用BAM文件进行circRNA鉴定，你需要使用一些工具，如find_circ。find_circ是一种基于基因组比对文件（BAM格式）的circRNA鉴定工具，它可以检测出circRNA的后支持率、线性剪接、反向剪接和内部外显子连接，同时还可以排除假阳性。

下面是一些使用find_circ进行circRNA鉴定的步骤：

1. 准备输入文件：将测序数据比对到基因组，生成BAM文件。

2. 安装find_circ：你需要先下载并安装find_circ，可以从官方网站（https://github.com/marvin-jens/find_circ）上获取最新版本。

3. 运行find_circ：使用find_circ时，你需要指定BAM文件和参考基因组文件，例如：

./find_circ.py --bam <bam_file> --genome <genome.fa>

4. 分析结果：find_circ会生成一个输出文件，其中包含circRNA的位置、后支持率、线性剪接、反向剪接和内部外显子连接等信息。你可以使用其他工具来对这些circRNA进行进一步的分析和注释。

需要注意的是，find_circ虽然是一种比较常用的circRNA鉴定工具，但不同的工具可能会有不同的结果和限制。在使用之前，最好先查看find_circ的文档，了解其适用范围和使用方法。