用代码鉴定出来的rna和用find_circ鉴定出来的rna有啥区别

RNA是指核酸分子中的一种，包括RNA和DNA，而circRNA是一种环状的RNA分子。RNA-seq数据中可以通过多种方法检测circRNA，包括基于Junction reads的方法和基于back-splicing的方法。find_circ是一种常用的circRNA鉴定工具，其主要使用back-splicing的方法来鉴定circRNA。而除了find_circ之外，还有许多其他的circRNA鉴定工具，它们可能使用不同的算法和参数来鉴定circRNA，因此鉴定出来的结果可能存在差异。因此，在进行实验和分析时，应该使用多种工具来鉴定circRNA，并进行验证和比较，以得到更准确的结果。

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CIRI 和 find_circ 鉴定rna的异处

CIRI 和 find_circ 都是常用的用于鉴定 RNA 中环状结构（circRNA）的工具，它们的原理和方法略有不同。

CIRI 通过将 RNA-seq 测序数据与参考基因组进行比对，然后利用回溯比对结果的方式来鉴定 circRNA，最终输出 circRNA 的位置、长度、基因信息等。CIRI 需要使用 Bowtie 1 进行比对，并且默认只鉴定单个外显子的 circRNA。

而 find_circ 则是通过查找 RNA-seq 测序数据中的反向片段（back-spliced junction）来鉴定 circRNA，它不需要参考基因组，因此可以鉴定新的、未知的 circRNA。find_circ 需要对 RNA-seq 测序数据进行多次比对，并且需要对比对结果进行一系列的过滤、筛选，最终输出高置信度的 circRNA。

因此，CIRI 和 find_circ 都有各自的优缺点，选择使用哪种工具应该根据具体的情况而定。如果已经有参考基因组，且需要鉴定单个外显子的 circRNA，可以考虑使用 CIRI；如果需要鉴定新的、未知的 circRNA，可以考虑使用 find_circ。当然，也可以使用两种工具结合使用，以获得更全面、准确的结果。

比对后用find_circ进行环状rna的鉴定

在使用Bowtie2对测序数据进行比对后，可以使用find_circ等软件对环状RNA进行鉴定和分析。下面是一些基本的find_circ命令示例：

1. 环状RNA的鉴定

find_circ.py -G /path/to/annotation/file.gtf -f /path/to/bam/file.bam -o output.txt

其中，/path/to/annotation/file.gtf是基因注释文件的路径，/path/to/bam/file.bam是Bowtie2比对结果的BAM格式文件的路径，output.txt是环状RNA鉴定结果的输出文件名。

在上述命令中，-G参数用于指定基因注释文件的路径，-f参数用于指定Bowtie2比对结果的BAM格式文件的路径，-o参数用于指定环状RNA鉴定结果的输出文件名。该命令会将BAM文件中的比对结果进行处理，并输出鉴定结果到指定的文件中。

2. 环状RNA的可视化

find_circ.py -G /path/to/annotation/file.gtf -f /path/to/bam/file.bam -v /path/to/circRNA.bed -o output.txt

其中，/path/to/annotation/file.gtf、/path/to/bam/file.bam和output.txt的含义与上述命令相同。-v参数用于指定要可视化的环状RNA的BED格式文件的路径。

在上述命令中，find_circ会根据BAM文件和基因注释文件进行环状RNA的鉴定，并将鉴定结果输出到指定的文件中。同时，它还会根据指定的BED文件进行环状RNA的可视化，并输出可视化结果到指定的文件中。

需要注意的是，find_circ等环状RNA鉴定软件的使用方法和参数设置可能会有所不同，具体可以参考软件的官方文档进行操作。