find_circ() 来鉴定环状rna

`find_circ()` 是 find_circ 软件中用于鉴定环状RNA的核心函数。它可以从 RNA-seq 数据中检测和鉴定环状RNA，具体步骤如下：

1. 从 RNA-seq 数据中提取 unmapped reads，并将它们与参考基因组进行比对，得到 BAM 文件。

2. 从 BAM 文件中提取潜在的环状RNA reads。

3. 进行两轮筛选，首先根据 reads 的长度、比对质量等进行初步筛选，然后根据 reads 的比对位置和方向进行二次筛选。

4. 用 Bowtie2 对筛选后的 reads 进行比对，得到比对结果。

5. 用 CIRI2 对比对结果进行注释和过滤，得到最终的环状RNA。

`find_circ()` 函数需要输入一个 BAM 文件和一个参考基因组文件，并可以选择性地指定一些参数，如比对工具、比对参数、筛选阈值等。它会输出一个包含环状RNA信息的 BED 文件，其中包括环状RNA的染色体位置、长度、方向等信息。

请注意，在使用 `find_circ()` 函数之前，你需要正确安装 find_circ 软件，并准备好 RNA-seq 数据和参考基因组文件。如果你遇到任何问题，可以参考 find_circ 的官方文档或联系开发者以获取帮助。

相关问题

比对后用find_circ进行环状rna的鉴定

在使用Bowtie2对测序数据进行比对后，可以使用find_circ等软件对环状RNA进行鉴定和分析。下面是一些基本的find_circ命令示例：

1. 环状RNA的鉴定

find_circ.py -G /path/to/annotation/file.gtf -f /path/to/bam/file.bam -o output.txt

其中，/path/to/annotation/file.gtf是基因注释文件的路径，/path/to/bam/file.bam是Bowtie2比对结果的BAM格式文件的路径，output.txt是环状RNA鉴定结果的输出文件名。

在上述命令中，-G参数用于指定基因注释文件的路径，-f参数用于指定Bowtie2比对结果的BAM格式文件的路径，-o参数用于指定环状RNA鉴定结果的输出文件名。该命令会将BAM文件中的比对结果进行处理，并输出鉴定结果到指定的文件中。

2. 环状RNA的可视化

find_circ.py -G /path/to/annotation/file.gtf -f /path/to/bam/file.bam -v /path/to/circRNA.bed -o output.txt

其中，/path/to/annotation/file.gtf、/path/to/bam/file.bam和output.txt的含义与上述命令相同。-v参数用于指定要可视化的环状RNA的BED格式文件的路径。

在上述命令中，find_circ会根据BAM文件和基因注释文件进行环状RNA的鉴定，并将鉴定结果输出到指定的文件中。同时，它还会根据指定的BED文件进行环状RNA的可视化，并输出可视化结果到指定的文件中。

需要注意的是，find_circ等环状RNA鉴定软件的使用方法和参数设置可能会有所不同，具体可以参考软件的官方文档进行操作。

用代码鉴定出来的rna和用find_circ鉴定出来的rna有啥区别

RNA是指核酸分子中的一种，包括RNA和DNA，而circRNA是一种环状的RNA分子。RNA-seq数据中可以通过多种方法检测circRNA，包括基于Junction reads的方法和基于back-splicing的方法。find_circ是一种常用的circRNA鉴定工具，其主要使用back-splicing的方法来鉴定circRNA。而除了find_circ之外，还有许多其他的circRNA鉴定工具，它们可能使用不同的算法和参数来鉴定circRNA，因此鉴定出来的结果可能存在差异。因此，在进行实验和分析时，应该使用多种工具来鉴定circRNA，并进行验证和比较，以得到更准确的结果。