find_circ() 来鉴定环状rna
时间: 2023-10-01 17:03:23 浏览: 53
`find_circ()` 是 find_circ 软件中用于鉴定环状RNA的核心函数。它可以从 RNA-seq 数据中检测和鉴定环状RNA,具体步骤如下:
1. 从 RNA-seq 数据中提取 unmapped reads,并将它们与参考基因组进行比对,得到 BAM 文件。
2. 从 BAM 文件中提取潜在的环状RNA reads。
3. 进行两轮筛选,首先根据 reads 的长度、比对质量等进行初步筛选,然后根据 reads 的比对位置和方向进行二次筛选。
4. 用 Bowtie2 对筛选后的 reads 进行比对,得到比对结果。
5. 用 CIRI2 对比对结果进行注释和过滤,得到最终的环状RNA。
`find_circ()` 函数需要输入一个 BAM 文件和一个参考基因组文件,并可以选择性地指定一些参数,如比对工具、比对参数、筛选阈值等。它会输出一个包含环状RNA信息的 BED 文件,其中包括环状RNA的染色体位置、长度、方向等信息。
请注意,在使用 `find_circ()` 函数之前,你需要正确安装 find_circ 软件,并准备好 RNA-seq 数据和参考基因组文件。如果你遇到任何问题,可以参考 find_circ 的官方文档或联系开发者以获取帮助。
相关问题
比对后用find_circ进行环状rna的鉴定
在使用Bowtie2对测序数据进行比对后,可以使用find_circ等软件对环状RNA进行鉴定和分析。下面是一些基本的find_circ命令示例:
1. 环状RNA的鉴定
```
find_circ.py -G /path/to/annotation/file.gtf -f /path/to/bam/file.bam -o output.txt
```
其中,/path/to/annotation/file.gtf是基因注释文件的路径,/path/to/bam/file.bam是Bowtie2比对结果的BAM格式文件的路径,output.txt是环状RNA鉴定结果的输出文件名。
在上述命令中,-G参数用于指定基因注释文件的路径,-f参数用于指定Bowtie2比对结果的BAM格式文件的路径,-o参数用于指定环状RNA鉴定结果的输出文件名。该命令会将BAM文件中的比对结果进行处理,并输出鉴定结果到指定的文件中。
2. 环状RNA的可视化
```
find_circ.py -G /path/to/annotation/file.gtf -f /path/to/bam/file.bam -v /path/to/circRNA.bed -o output.txt
```
其中,/path/to/annotation/file.gtf、/path/to/bam/file.bam和output.txt的含义与上述命令相同。-v参数用于指定要可视化的环状RNA的BED格式文件的路径。
在上述命令中,find_circ会根据BAM文件和基因注释文件进行环状RNA的鉴定,并将鉴定结果输出到指定的文件中。同时,它还会根据指定的BED文件进行环状RNA的可视化,并输出可视化结果到指定的文件中。
需要注意的是,find_circ等环状RNA鉴定软件的使用方法和参数设置可能会有所不同,具体可以参考软件的官方文档进行操作。
CIRI 和 find_circ 鉴定rna的异处
CIRI 和 find_circ 都是常用的用于鉴定 RNA 中环状结构(circRNA)的工具,它们的原理和方法略有不同。
CIRI 通过将 RNA-seq 测序数据与参考基因组进行比对,然后利用回溯比对结果的方式来鉴定 circRNA,最终输出 circRNA 的位置、长度、基因信息等。CIRI 需要使用 Bowtie 1 进行比对,并且默认只鉴定单个外显子的 circRNA。
而 find_circ 则是通过查找 RNA-seq 测序数据中的反向片段(back-spliced junction)来鉴定 circRNA,它不需要参考基因组,因此可以鉴定新的、未知的 circRNA。find_circ 需要对 RNA-seq 测序数据进行多次比对,并且需要对比对结果进行一系列的过滤、筛选,最终输出高置信度的 circRNA。
因此,CIRI 和 find_circ 都有各自的优缺点,选择使用哪种工具应该根据具体的情况而定。如果已经有参考基因组,且需要鉴定单个外显子的 circRNA,可以考虑使用 CIRI;如果需要鉴定新的、未知的 circRNA,可以考虑使用 find_circ。当然,也可以使用两种工具结合使用,以获得更全面、准确的结果。