find_circ：未找到命令

如果您在使用find_circ命令时出现“未找到命令”的错误提示，可能是因为该命令没有被正确安装或者没有被添加到系统的环境变量中。

请确保您已经正确安装了find_circ，并将其所在的路径添加到系统的环境变量中。您可以通过以下命令来检查find_circ是否已经被正确安装：

find_circ -h

如果该命令能够正常执行并输出帮助信息，则说明find_circ已经成功安装并添加到了系统的环境变量中。如果仍然无法执行该命令，则需要重新安装find_circ并检查环境变量的设置是否正确。

相关问题

find_circ.py：未找到命令

这个错误提示表明你在命令行中输入了一个不存在的命令，也就是说你可能没有安装或者配置`find_circ.py`命令。请确认你是否正确地安装了相应的软件包或者工具，并且在命令行中正确地输入了命令。你可以尝试使用`which find_circ.py`命令来查看`find_circ.py`是否已经被正确地安装并且可以被系统找到。如果你还有问题，请提供更多的信息，以便我能够更好地帮助你。

cmd运行find_circ命令

要在命令提示符中运行 find_circ 命令，你需要进入到 find_circ 解压缩后所在的目录。假设你已经将 find_circ 解压缩到了 `C:\Users\YourName\Downloads\find_circ` 目录中，那么你可以按照以下步骤来运行 find_circ 命令：

1. 打开命令提示符（CMD），可以通过在 Windows 搜索栏中输入 "cmd" 来打开命令提示符。

2. 在命令提示符中，输入以下命令来进入到 find_circ 的解压缩目录中：

cd C:\Users\YourName\Downloads\find_circ

3. 确认你已经进入到了 find_circ 的解压缩目录中，可以输入 `dir` 命令来列出目录中的所有文件和子目录。

4. 输入以下命令来运行 find_circ：

python find_circ.py -g <genome.fa> -p <prefix> -1 <read1.fq> -2 <read2.fq> [--quiet]

其中，`<genome.fa>` 是参考基因组序列的 fasta 格式文件，`<prefix>` 是输出文件的前缀，`<read1.fq>` 和 `<read2.fq>` 分别是 RNA-seq 测序数据的第一条和第二条 reads。

注意：在运行 find_circ 命令之前，你需要确认已经安装了 Python 2.7、Bowtie 1 和 Samtools，并将它们的路径添加到系统的环境变量中。