Ubuntu 安装find_circ

要在Ubuntu系统上安装find_circ，您可以按照以下步骤进行操作：

1. 打开终端，并使用以下命令下载find_circ的安装包：

wget https://github.com/marvin-jens/find_circ/releases/download/v1.2.1/find_circ-1.2.1.tar.gz

2. 下载完成后，使用以下命令解压缩安装包：

tar -zxvf find_circ-1.2.1.tar.gz

3. 进入解压缩后的find_circ文件夹，并使用以下命令编译和安装find_circ：

cd find_circ-1.2.1
make
sudo make install

4. 上述步骤完成后，您可以使用以下命令来检查find_circ是否已经成功安装：

find_circ -h

如果该命令能够正常执行并输出帮助信息，则说明find_circ已经成功安装。

相关问题

Windows 下载find_circ

你可以从 find_circ 的官方网站（http://circbase.org/download）下载适用于 Windows 操作系统的 find_circ。

1. 从网站下载 find_circ 的源代码，点击页面中的“Download”按钮，选择“find_circ.py”即可。

2. 下载完成后，解压缩下载的文件到你想要放置的目录中。

3. 打开命令提示符（CMD），进入到 find_circ 的解压缩目录中。

4. 在命令提示符中，输入以下命令来测试 find_circ 是否安装成功：

python find_circ.py -h

如果 find_circ 安装成功，将输出 find_circ 的帮助信息。

注意：为了能够在 Windows 中运行 find_circ，你需要安装 Python 2.7，并将 Python 的路径添加到系统的环境变量中。此外，你还需要安装 Bowtie 1 和 Samtools，也需要将它们的路径添加到系统的环境变量中。

find_circ 常用函数

find_circ 是一个用于检测环状RNA的软件，它提供了多个常用函数来处理和分析环状RNA数据。以下是一些常用的 find_circ 函数：

1. `find_circ()`: 该函数用于检测环状RNA。它需要输入一个 BAM 文件和一个参考基因组文件，并输出一个包含环状RNA信息的 BED 文件。

2. `circ_heatmap()`: 该函数用于生成环状RNA的热图。它需要输入一个包含环状RNA信息的 BED 文件，并可选地指定一些参数，如颜色映射、热图尺寸等。

3. `circ_density()`: 该函数用于生成环状RNA的密度图。它需要输入一个包含环状RNA信息的 BED 文件，并可选地指定一些参数，如窗口大小、步长等。

4. `circ_annotation()`: 该函数用于将环状RNA注释到参考基因组上。它需要输入一个包含环状RNA信息的 BED 文件和一个参考基因组文件，并输出一个注释文件。

5. `circ_intersect()`: 该函数用于将环状RNA与其他数据集进行比较。它需要输入两个 BED 文件，并输出它们的交集或并集。

以上是一些常用的 find_circ 函数，它们可以帮助你处理和分析环状RNA数据。如果你需要了解更多关于 find_circ 的函数和用法，请查阅其官方文档或联系开发者以获取帮助。