用bam文件在find_circ 进行circlerna的鉴定

好的，我了解你的问题。首先，对于使用BAM文件进行circRNA鉴定，你需要使用一些工具，如find_circ。find_circ是一种基于基因组比对文件（BAM格式）的circRNA鉴定工具，它可以检测出circRNA的后支持率、线性剪接、反向剪接和内部外显子连接，同时还可以排除假阳性。

下面是一些使用find_circ进行circRNA鉴定的步骤：

1. 准备输入文件：将测序数据比对到基因组，生成BAM文件。

2. 安装find_circ：你需要先下载并安装find_circ，可以从官方网站（https://github.com/marvin-jens/find_circ）上获取最新版本。

3. 运行find_circ：使用find_circ时，你需要指定BAM文件和参考基因组文件，例如：

./find_circ.py --bam <bam_file> --genome <genome.fa>

4. 分析结果：find_circ会生成一个输出文件，其中包含circRNA的位置、后支持率、线性剪接、反向剪接和内部外显子连接等信息。你可以使用其他工具来对这些circRNA进行进一步的分析和注释。

需要注意的是，find_circ虽然是一种比较常用的circRNA鉴定工具，但不同的工具可能会有不同的结果和限制。在使用之前，最好先查看find_circ的文档，了解其适用范围和使用方法。

相关问题

cmd运行find_circ命令，通过bam文件进行circlerna的鉴定

要通过 BAM 文件运行 find_circ 进行 circRNA 的鉴定，你可以按照以下步骤进行操作：

1. 打开命令提示符（CMD），可以通过在 Windows 搜索栏中输入 "cmd" 来打开命令提示符。

2. 在命令提示符中，输入以下命令来进入到 find_circ 的解压缩目录中：

cd C:\Users\YourName\Downloads\find_circ

3. 确认你已经进入到了 find_circ 的解压缩目录中，可以输入 `dir` 命令来列出目录中的所有文件和子目录。

4. 输入以下命令来运行 find_circ：

python find_circ.py -g <genome.fa> -p <prefix> -b <bamfile.bam> [--quiet]

其中，`<genome.fa>` 是参考基因组序列的 fasta 格式文件，`<prefix>` 是输出文件的前缀，`<bamfile.bam>` 是已经比对好的 BAM 文件。

5. 等待 find_circ 运行完成，你可以在输出文件中查看鉴定得到的 circRNA 信息。

注意：在运行 find_circ 命令之前，你需要确认已经安装了 Python 2.7、Bowtie 1 和 Samtools，并将它们的路径添加到系统的环境变量中。此外，你还需要使用 RNA-seq 数据或已经比对好的 BAM 文件来运行 CIRCexplorer2 或 CIRI2 这类软件来进行 circRNA 的后续分析。

比对后用find_circ进行环状rna的鉴定

在使用Bowtie2对测序数据进行比对后，可以使用find_circ等软件对环状RNA进行鉴定和分析。下面是一些基本的find_circ命令示例：

1. 环状RNA的鉴定

find_circ.py -G /path/to/annotation/file.gtf -f /path/to/bam/file.bam -o output.txt

其中，/path/to/annotation/file.gtf是基因注释文件的路径，/path/to/bam/file.bam是Bowtie2比对结果的BAM格式文件的路径，output.txt是环状RNA鉴定结果的输出文件名。

在上述命令中，-G参数用于指定基因注释文件的路径，-f参数用于指定Bowtie2比对结果的BAM格式文件的路径，-o参数用于指定环状RNA鉴定结果的输出文件名。该命令会将BAM文件中的比对结果进行处理，并输出鉴定结果到指定的文件中。

2. 环状RNA的可视化

find_circ.py -G /path/to/annotation/file.gtf -f /path/to/bam/file.bam -v /path/to/circRNA.bed -o output.txt

其中，/path/to/annotation/file.gtf、/path/to/bam/file.bam和output.txt的含义与上述命令相同。-v参数用于指定要可视化的环状RNA的BED格式文件的路径。

在上述命令中，find_circ会根据BAM文件和基因注释文件进行环状RNA的鉴定，并将鉴定结果输出到指定的文件中。同时，它还会根据指定的BED文件进行环状RNA的可视化，并输出可视化结果到指定的文件中。

需要注意的是，find_circ等环状RNA鉴定软件的使用方法和参数设置可能会有所不同，具体可以参考软件的官方文档进行操作。