find_circ 常用函数
时间: 2023-09-30 19:13:07 浏览: 186
Fraunhofer_circ.rar_CIRC_Fraunhofer_夫琅禾费_夫琅禾费衍射
find_circ 是一个用于检测环状RNA的软件,它提供了多个常用函数来处理和分析环状RNA数据。以下是一些常用的 find_circ 函数:
1. `find_circ()`: 该函数用于检测环状RNA。它需要输入一个 BAM 文件和一个参考基因组文件,并输出一个包含环状RNA信息的 BED 文件。
2. `circ_heatmap()`: 该函数用于生成环状RNA的热图。它需要输入一个包含环状RNA信息的 BED 文件,并可选地指定一些参数,如颜色映射、热图尺寸等。
3. `circ_density()`: 该函数用于生成环状RNA的密度图。它需要输入一个包含环状RNA信息的 BED 文件,并可选地指定一些参数,如窗口大小、步长等。
4. `circ_annotation()`: 该函数用于将环状RNA注释到参考基因组上。它需要输入一个包含环状RNA信息的 BED 文件和一个参考基因组文件,并输出一个注释文件。
5. `circ_intersect()`: 该函数用于将环状RNA与其他数据集进行比较。它需要输入两个 BED 文件,并输出它们的交集或并集。
以上是一些常用的 find_circ 函数,它们可以帮助你处理和分析环状RNA数据。如果你需要了解更多关于 find_circ 的函数和用法,请查阅其官方文档或联系开发者以获取帮助。
阅读全文