比对后用find_circ进行环状rna的鉴定

在使用Bowtie2对测序数据进行比对后，可以使用find_circ等软件对环状RNA进行鉴定和分析。下面是一些基本的find_circ命令示例：

1. 环状RNA的鉴定

find_circ.py -G /path/to/annotation/file.gtf -f /path/to/bam/file.bam -o output.txt

其中，/path/to/annotation/file.gtf是基因注释文件的路径，/path/to/bam/file.bam是Bowtie2比对结果的BAM格式文件的路径，output.txt是环状RNA鉴定结果的输出文件名。

在上述命令中，-G参数用于指定基因注释文件的路径，-f参数用于指定Bowtie2比对结果的BAM格式文件的路径，-o参数用于指定环状RNA鉴定结果的输出文件名。该命令会将BAM文件中的比对结果进行处理，并输出鉴定结果到指定的文件中。

2. 环状RNA的可视化

find_circ.py -G /path/to/annotation/file.gtf -f /path/to/bam/file.bam -v /path/to/circRNA.bed -o output.txt

其中，/path/to/annotation/file.gtf、/path/to/bam/file.bam和output.txt的含义与上述命令相同。-v参数用于指定要可视化的环状RNA的BED格式文件的路径。

在上述命令中，find_circ会根据BAM文件和基因注释文件进行环状RNA的鉴定，并将鉴定结果输出到指定的文件中。同时，它还会根据指定的BED文件进行环状RNA的可视化，并输出可视化结果到指定的文件中。

需要注意的是，find_circ等环状RNA鉴定软件的使用方法和参数设置可能会有所不同，具体可以参考软件的官方文档进行操作。