cmd运行find_circ命令

要在命令提示符中运行 find_circ 命令，你需要进入到 find_circ 解压缩后所在的目录。假设你已经将 find_circ 解压缩到了 `C:\Users\YourName\Downloads\find_circ` 目录中，那么你可以按照以下步骤来运行 find_circ 命令：

1. 打开命令提示符（CMD），可以通过在 Windows 搜索栏中输入 "cmd" 来打开命令提示符。

2. 在命令提示符中，输入以下命令来进入到 find_circ 的解压缩目录中：

cd C:\Users\YourName\Downloads\find_circ

3. 确认你已经进入到了 find_circ 的解压缩目录中，可以输入 `dir` 命令来列出目录中的所有文件和子目录。

4. 输入以下命令来运行 find_circ：

python find_circ.py -g <genome.fa> -p <prefix> -1 <read1.fq> -2 <read2.fq> [--quiet]

其中，`<genome.fa>` 是参考基因组序列的 fasta 格式文件，`<prefix>` 是输出文件的前缀，`<read1.fq>` 和 `<read2.fq>` 分别是 RNA-seq 测序数据的第一条和第二条 reads。

注意：在运行 find_circ 命令之前，你需要确认已经安装了 Python 2.7、Bowtie 1 和 Samtools，并将它们的路径添加到系统的环境变量中。

相关问题

cmd运行find_circ命令，通过bam文件进行circlerna的鉴定

要通过 BAM 文件运行 find_circ 进行 circRNA 的鉴定，你可以按照以下步骤进行操作：

1. 打开命令提示符（CMD），可以通过在 Windows 搜索栏中输入 "cmd" 来打开命令提示符。

2. 在命令提示符中，输入以下命令来进入到 find_circ 的解压缩目录中：

cd C:\Users\YourName\Downloads\find_circ

3. 确认你已经进入到了 find_circ 的解压缩目录中，可以输入 `dir` 命令来列出目录中的所有文件和子目录。

4. 输入以下命令来运行 find_circ：

python find_circ.py -g <genome.fa> -p <prefix> -b <bamfile.bam> [--quiet]

其中，`<genome.fa>` 是参考基因组序列的 fasta 格式文件，`<prefix>` 是输出文件的前缀，`<bamfile.bam>` 是已经比对好的 BAM 文件。

5. 等待 find_circ 运行完成，你可以在输出文件中查看鉴定得到的 circRNA 信息。

注意：在运行 find_circ 命令之前，你需要确认已经安装了 Python 2.7、Bowtie 1 和 Samtools，并将它们的路径添加到系统的环境变量中。此外，你还需要使用 RNA-seq 数据或已经比对好的 BAM 文件来运行 CIRCexplorer2 或 CIRI2 这类软件来进行 circRNA 的后续分析。

find_circ：未找到命令

如果您在使用find_circ命令时出现“未找到命令”的错误提示，可能是因为该命令没有被正确安装或者没有被添加到系统的环境变量中。

请确保您已经正确安装了find_circ，并将其所在的路径添加到系统的环境变量中。您可以通过以下命令来检查find_circ是否已经被正确安装：

find_circ -h

如果该命令能够正常执行并输出帮助信息，则说明find_circ已经成功安装并添加到了系统的环境变量中。如果仍然无法执行该命令，则需要重新安装find_circ并检查环境变量的设置是否正确。